民党几乎快要被左派和共产党人架空，国民党和国民党人的革命事业到了生死存亡的关键时刻，非要出手挽救危局不可了。不管怎么说，反正这时候的蔡元培，是旗帜鲜明地和国民党内积极反.共的人走到了一起。
4月2日，国民党中央监察委员会全体会议上，在吴稚晖提交查办共产党的呈文之后，蔡元培亦向大家出示了名为《共.产党祸党证据及共.产党在浙祸党之报告》的两份材料，一份是中.共自二大以来“阴谋破坏国民党”的种种决议和通告，另一份则是中.共在浙江“阻止入党”“煽惑民众”“扰乱后方”“捣毁米铺”“压迫工人”等若干条罪状。
会上经蔡元培同意，还审定了列有毛.泽.东、周.恩.来、陈.独秀等中共领袖及柳亚子、徐谦、邓演达等国民党左派人士的黑名单，共计179人，提请委员会立即采取紧急措施，将这些“首要危险分子”，“就地知照治安机关，分别看管，制止活动”。
此后，在蔡元培的主持下，这些监察委员又开了4次“清党”密会。
可以说，在国民党内的派系争斗中，这时候的蔡元培是坚定地站在了蒋介石一边。
蔡元培又在4月9日同吴稚晖、张静江、李石曾等人一起发出3000余字的“护党救国”联名通电，痛斥联共政策的种种荒谬，严词指责工农运动，指斥武汉汪精卫等为首的国民政府与共.产.党合作，有“亡党之责”，“大有背于本党治国之精神，极端毁灭本党组织之根本旨趣，减少群众对于本党之坚固信仰”。
蔡元培在文章里呼吁全体国民党党员“念党之危机，懔丧亡之无日，披发缨冠，共图匡济，扶危定倾，端视此举”，从而为蒋介石发动政变做了舆论上的准备。
到了这一年的10月18日，蔡元培在国民党中.央党.务学校发表演讲，还在向青年学生灌输他的这一思想：
“本党在共.产.党捣乱的时候，下级党部和农工组织为他们所把持，不许本党党员插足。他们这种方法是很厉害的，是想把本党的基础抢了去。他们所做的工作，就是要消灭本党的工作。共.产党的农人工人运动，是欺骗农工的运动，不能够替农工谋实在的利益。”
1927年4月15日凌晨，国民党广东当局下令军警和其他武装开始在广州进行“清党”大搜捕。萧楚女、刘尔崧、熊雄、邓培、李森、何耀全、张瑞成、李亦愚、毕磊、谭其镜、杨其纲、麻植、熊锐、邹师贞等100多位著名共产党人英勇牺牲。
仅在蒋介