李石曾等同车由沪到宁，同寓张静江宅邸，蔡曾往“总司令部看蒋先生，其时胡展堂等亦在座”。其后，蔡元培由宁返沪，以私人资格力劝同样提出“辞去本兼各职”的于佑任“勿即辞职”。此后，蔡元培来往于沪宁之间，从事政务，其行踪载于当时“京沪各报报端”。
1929年间，蔡元培的国务活动也颇为频繁，他与蒋介石等高层人士的相互往来也时有所见。大体说来，至1930年以后，蔡到南京的次数才逐渐减少。其实，上海一直是除南京之外的一个极重要的政治舞台，一些“党国大老”聚居于此，国民党及国民政府的一些幕后活动常常在此酝酿生成，蔡元培作为国民党政治集团中的资深要员参与其间，其在宁在沪，好像很难成为判断其政治姿态的标识。
在蔡元培的“从政高峰”期间，他的一个重要使命，便是平息学.潮、弥合党内派系纷争。由于他在政界、学界的崇高威望，几乎总是充当“救火者”或“和事佬”的角色。
北京大学师生为反对北平大学区发生风潮，蔡责无旁贷地出面平息，并一度兼任北大校长，使北大安然渡过“多事之秋”。
交通大学出现校长危机，蔡亦暂时兼领，以求平稳过渡。
国民政府的“首都大学”中央大学连续发生学.潮，拒绝和殴伤校长，政府强令解散该大学。其后成立“中央大学整理委员会”，蔡再次救急，出任该委员会的委员长，亲到南京，与学校师生代表沟通。
而对于国民党内层出不穷的派系之争，蔡以元老身份尽力排解，力求化干戈为玉帛，维系政治统一，此种努力在“九一八”事变后国难深重关头，尤具特别意义。
不过，蔡元培也曾经历过风险。这一年12月15日，北平各校南下示威学生与南京本地学生数百人在中央党部门前示威请愿，一时间群情激奋。蔡元培与陈铭枢被委派出来接见学生，蔡未及数语，即被学生拖下殴打，陈则被学生用木棍猛击头部，当场昏厥。
据报载：“蔡年事已高，右臂为学生所强执，推行半里，头部亦受击颇重”，后被解救送往医院，所幸无大碍。这就是后来被有些新闻记者所渲染的“蔡元培遭绑架”事件。蔡元培事后对新闻界发表谈话说，他理解学生忧患国难的情绪，但对“学风沦替”也深感忧虑。
可是，从事党政活动的“超然”姿态，并不意味着内心深处全无评判，更不等于对现存秩序的麻木迁就。蔡元培本来即是一个是非心极强的知识分子，置身政治舞台，对于自己周围的“党内同志