对于一个独裁性质的政权，伴随着权力的强化，往往是文化和意识形态的收紧。在一段时间里，蔡元培与蒋介石集团，除了民主与独裁之争，他的“教育独立”的主张与蒋介石集团的“党化教育”政策也越来越格格不入。
“党化教育”，也被国民党人称之为“训政”，是指国民党政权按照蒋介石“以党治国”的主张提出的教育方针。
蒋介石集团的党化教育，重点是中小学和中等师范学校，在全国范围内，其时间上主要是1923至1954年，共31年。由于蔡元培等自由知识分子的顽强抵抗，抗战爆发前国民党的“党化教育”在大学里则要宽松得多。
甲午战争后，严复提出了“公民教育”的概念。民国初，蔡元培担任教育总长期间，政府编写了中小学公民教材，此后，全国各地开展了轰轰烈烈的公民教育运动。
伴随着封建的传统道德理念和封建专制制度一起进入历史，在新的历史条件下重新规范人的行为，告诉人们，什么事能做，什么事不能做，什么事应该做，什么事不应做，也就是对民众进行公民的权力和义务教育，这无疑是进入新的时代必须要做的事。
公民教育是独立的，它并不需要对政府唯命是从、俯首帖耳，它所从事的是民智开启和理性教化的事业，因此能够帮助受教育者对宣传保持较强的独立思考和认知识别。
这种必须的公民教育和蒋介石集团的党化教育是风马牛不同的两回事。
北洋军阀时期，教育界具有一定的自主权。北洋政府对于学校管理基本上采取了“放任态度”，希望学生好好读书，不要过多关心国家大事，以免造成社会动乱。可以说，这是蔡元培在北大提出“学术自由，兼容并包”的一个大的时代背景。
这一时期，称得上是近代中国历史上政治较为宽松的时期，从而也是社会思潮和学术思想最活跃、最开放的时期。
蔡元培曾感慨的回顾那一时期：“那时候，思想和言论的自由，真是达到近乎极点。”
1924年，国民党在广东建立了自己的政权，便着手对整个社会进行控制，其中一项措施就是推行党化教育。主要是通过组织手段，将学校变为党的政治工具，通过调换校长将非国民党人管理的学校改为国民党可控制的学校，在所有国民党控制地区的学校开设“三民主义”之类的课程，灌输国民党的政治主张。
1927年7月国民政府在广州举行的中央教育行政大会通过决议，要求所有大、中、小学的教