着一点独持的作风，这种作风便是民主制度在教育上的试验，当时校内并不设校长，而三位干事共同负责处理校务，成为学校行政机关。另外由全体同学推举班长、室长，实行自治，并且选举评议员，组织评议会，成为学校的立法机关。一切校务虽由干事部负责执行，但必须先经评议会通过，完成立法程序。”
后来当过中国公学副校长的亮功至把这种“学生治校”的制度，和欧洲中世纪大学创始时的制度作了比较，充分肯定了它在中国教育史上的创新意义。
中国公学实行的这种高度民主自治的管理制度，自然受到广大革命热情高涨的同学的欢迎与拥护。但从实际出发，它在中国这块土壤上，显然缺乏充分持久发育的外部条件。
至少有三个方面的原因，使中国公学的“民主共和国”于解体的危机。
一、学校内留日学生逐渐减少(部分又回日本复课了)，而新招的学生逐渐增加，已不是当初发起创学时学生与管理彼此不分界限的情形。
二、当时上海社会和官方，对这种办学制度的忌疑与不满日益增大，缺少社会尤其教育界人士的理解与同情。
三、学校没有两江总督端方的官费资助便办不下去，而接受了官方的资助，便无法抗拒官方在管理制度上插手学校。
最初创立时不设校长，干事部的干事分任教务、度务、商务，后来推郑孝胥为校长，聘马君武为总教习。马君武赴国外留学后，总教习之职便度止。公学受两江总督的津贴之后，校长改为监督。第一任监督是郑孝胥，第二任为夏敬观，同时成立了郑孝胥、张赛、熊希龄等几十人参加的校董事会，推举张赛为会长。在董事会制与监督制的双重压迫下，学生自治的民主政体开始瓦解。
尽管郑孝胥、夏敬观这一些社会名流忙于诗坛和文坛，对校务毫无兴趣，但公学的民主政体已经受到严重压抑。原来公选的干事改为由学校聘任的教务长、庶务长、斋务长，而且新校章取消了评议部这个以学生为主体的“立法机关”。这就激起了广大同学的强烈不满。他们抓住校章上“非经全体三分之二承认，不得修改”的“法”条文向校方表示抗议，认为三位干事自修改校章是非法的，取消评议部也是非法的。
为此，全体同学就组织了一个“校友会”，类似于现在的学生会组织。校友会与三位干事争议了几个月，终于达成了由全体学生修改校章的协议。又费了几个月，开了许多会，校友会把修正意见整理出了一个草案，议定一本新校章。谁知校章草