胡适为师，做学问也全面效法胡适这位北大先生的治学方法。胡适在给吴晗的信件中，也同样对这位弟子进行了多方面指导。
多次告诫吴晗：“治明史不是要你做一部新明史，只是要你训练自己作一个能整理明代资料的学者。”
吴晗的态度则是：“光耀所及，四面八方都是坦途。”可见胡适对他影响之深。
吴晗果然不负胡适的期望，在清华读书期间，先后写下四十多篇文章，其中《胡惟庸党案考》、《〈金瓶梅〉的著作时代及其社会背景》、《明代之农民》等文，颇受当时史界名流青睐。
吴晗毕业时，在自己的毕业照上题写着胡适的名言：“大胆的假设，小心的求证。少说些空话，多读些好书——录胡适先生语。”
大学毕业后年轻的吴晗在清华大学讲授明史。颇受顾颉刚、胡适、傅斯年等提携。
1943年7月，吴晗加入民盟，从一名历史学家变身为社会活动家，积极投身反对蒋政府的活动。只是，自此以后，他再也没写出一部像样的史学著作。
1946年8月，吴晗回到北平，仍在清华大学任教，其在清华的住所旧西院12号是中共地下党的联络站。回到北平后，吴晗也去拜访过胡适，希望他能认请形势，转变思想。但是，胡适依然旧时胡适，吴晗却早已不是求学时的吴晗了，两人话不投机，不欢而散。吴晗后来提及此事时说：“联大从昆明搬回北平后，我做胡适工作，可是他顽固不化，我的脚就不再踏上他家的客厅了。”而当胡适得知吴晗的去向后，也不由长叹：“吴晗可惜，走错路了。”
一个被称为顽固不化，一个被感叹走错路，孰是孰非，已不重要，重要的是，师徒二人彻底决裂。
1957年3月，吴晗成为中.共.党组织的一员。身份转变的他，积极投身党组织发动的各种运动。曾亲自主持对储安平的批斗，带头揭发批判罗隆基。
鉴于当时出现的各级官员虚报成绩的现象，当时的中.央最.高领.导人提出要学习明代著名清官海瑞“刚正不阿，直言敢谏”的精神。领.袖挥手吴晗马上前进，随即发表了《海瑞罢官》等作品。当时最.高领.导人对于这些作品大加赞许，并赠送亲笔签名的自己的“选集”给吴晗。吴晗也因此成为当时中国最出名的知识分子之一。
得意而有些忘形的吴晗，曾主动批判提携他的恩师胡适，公然说“胡适之做过我的老师，可没给过我什么，我有些知识，主要是靠自学"。旧友沈从文落难，在博物馆