迟迟未能做出选择，直到9月18日，才最终决定由朱家骅代理中研院院长。
朱家骅本是评议会推选的三名正式院长候选人之一，最后却戴上了个“代理院长”的帽子，心中自然不快，但又不好发作。至于蒋介石为何如此，众说纷纭。有人猜测可能蒋心中最理想的人选就是胡适，之所以让朱家骅暂代，就是欲虚位以待——十几年后的1958年，胡适果然从朱家骅手中接任中研院院长。也许，这才是当年那场院长争夺战的收场。
对于蒋介石的这一任命，胡适开始是坚辞不就。但是到了12月份，病中的胡适毅然接受了此任命，胡适的遽然转身，令人耐人寻味。从胡适先生秘书胡颂平先生主编《胡适之先生晚年谈话记录》和《胡适之先生年谱长编初稿补编》可以窥见，与竞选中研院院长的张其昀有关。