自祖大寿出走，北京守军便实力大损，不再适合与后金野战了。但崇祯却不管军队的情况，只一味地要求明军出城力战，将后金赶快杀退。
此时，接手京城防务的满桂被崇祯一再逼迫，又有袁崇焕的下例，无奈之下只能带兵出城与后金拼命，终于是战死沙场。
崇祯三年，在明廷君臣内外焦灼之下，后金军载着满满的胜利品，自己出塞回家了。
后金这次入塞攻明，基本上是所向披靡，兵将损失微小，却掠夺了大批银钱、粮食、牲畜、器械，还有大批人口，其中包括一些投降的明朝中下级官员、举人。皇太极把这些人看做是一种重要的资源，注意对他们的任用。可以说，这次入塞大大加强了后金的实力。
明朝在这次军事对抗中则损失惨重，京畿及其附近近十几州县遭到蹂躏，被歼灭的部队达万人。死于战场或是被迫自杀的高级官员和将领包括1名侍郎、1名名巡抚、3名总兵官;被崇祯自己杀掉的更多些，有兵部尚书王洽、督师袁崇焕、蓟辽总督刘策、山西巡抚耿如杞，总兵官张士显和张鸿功等一批高级文武官员;另外还有带队勤王发生兵变而吓死的张梦鲸;判死刑后来被赦免改戍的大学士钱龙锡，等等。
因此，后金军的入塞对于明朝来说，不仅造成了经济上，军事上的破坏，还造成了人才上的巨大破坏，其中犹以袁崇焕被杀损失最大。
袁崇焕是被崇祯亲判为磔刑，在行刑当天，京城万众百姓到现场围观。大家对这个“汉奸”恨之入骨，纷纷指责漫骂，而且争着要吃他的肉。
袁崇祯绝望地看着他要守护的百姓，作诗云：“一生事业总成空，半世功名在梦中。死后不愁无勇将，忠魂依旧守辽东。”
行刑用了半日，袁崇焕所剐下的肉都被人抢食，身体是“皮肉已尽，心肺之间叫声不止。”
在金兵退回关外后，明廷总算是有精力处理西北民变问题，可当大家回眸一看时，却发现农民军早已成长为规模宏大的军事力量。
崇祯三年，王嘉胤在陕西南部的阳水一带设官称王，其下聚集闯王高迎祥，闯将李自成，余八大王张献忠等大贼，号人马四万，呼风唤雨，攻城陷地，截掠钱粮无数。
而彼时山西为防止流寇入境，下令闭粜，禁止把粮食运进有起义农民活动的灾荒地区。起义军为获得粮食，很多便选择渡河入晋，扩大活动范围。
这年二月开始，老回回马守应、八金刚、王子顺、上天猴等部渡过黄河，攻克了蒲县。然后分兵两