关于奇门遁甲的起源，在古籍《秘藏通玄变化六阴洞微遁甲真经》、《轩辕本纪》、《奇门遁甲思维导图》《神机制敌太白阴经》、《烟波钓叟歌》等多有记载，大致为当年蚩尤作乱，黄帝频战不克，九天玄女授龙甲神章术于轩辕黄帝，助黄帝以灭蚩尤，黄帝要他的宰相风后把龙甲神章演绎成兵法十三章，孤虚法十二章，奇门遁甲一千零八十局。凡是运用这种阴阳五行生克制化的数理以行占卜之术的，皆纳入术数范围，奇门遁甲也是术数，数术的特征是以数行方术。基础是阴阳五行、天干地支、河图洛书、太玄甲子数等，五行有数、干支有数、河图洛书等等，所有门派学术方面均有借鉴或采用奇门遁甲中的学问。
传至后世姜子牙，周公旦，李聃，庄周，范蠡，黄石公，再传给张良，张良把它精简之后变成现在我们看到的奇门遁甲。
不过后世奇、门、遁甲各自分裂，比方三国时左慈就得到遁甲天书，分天地人三册，是道家正统的象征，天书传说在奇门传人手中，再到诸葛亮具是一时人物，成就非凡，至今时今日，世人听都没听说过，更别说见了，就算有人偶尔碰到，也以为是道教分支。
不过奇门和道家，渊源深厚，有很多类似的地方，奇门最得意的成就，莫过于姜子牙封神，世人皆以为封神为道家所为，殊不知道教在先秦时期，还未形成，诸子百家不是宗教，只是思想，当时唯一类似宗教，还带组织的，就是墨翟统领的墨家。
说到宗教，却要多说两句，道教佛教都是汉末形成，黄巾张氏兄弟的太平道，益州的天师道，尊奉老子为太上老君，地册人册分别太平道和天师道手中，形成了后来的道教。邹辉道士，是天师道为主导发展而来，同门都称之为道友，佛教则是由印度传入，汉明帝打开官方迎请佛教的大门，随后数百年间，天竺西域与中原两地传经、取经之高僧络绎不绝，如鸠摩罗什、真谛、法显等祖师菩萨。
说回来奇门，奇门中人，不能成帝王之业，却有改天换地的本事，历朝历代大多开国功臣中，都有奇门传人，诸子百家中或多或少都有奇门的影子，总有共同之处，分出各派系也为了执政理念相互纷争，各自辅佐自认的明主征战天下。
三奇八门六仪遁甲分出四个大派，杨耀宗是三奇之一的传人，可以说奇门遁甲是天下武术的起源，世界是平衡的，有阴有阳，龙甲神章是阳的话，龙鱼河图就是阴。
八卦九宫，是奇门遁甲的基础，跟道门渊源深厚，奇门传人行事神秘，传人不多，每一代也仅仅数人