往月见山的路上。小智一边训练神奇宝贝，一边赶路（这里说明一下，小智现在携带的神奇宝贝分别是皮卡丘，铁甲蛹（绿毛虫在尼比市突然进化的），比比鸟，路卡利欧，火焰鸡和美纳斯，电击兽和大师鼬则传回了大木博士研究所）
“铁甲蛹等进化成巴大蝴在训练，其他人各自按照以前的训练，比比鸟你现在需要学会燕返，钢翼和破空斩，你应该这样”“小智你还真是努力啊，而且训练方法也很正确”小刚一边收拾碗筷，一边看着不断向比比鸟讲解接下来的训练要求。
就在小智他们到达月见山的时候，突然一声惨叫吸引了小智等人的注意，小智两人立刻往那边跑去。在赶到时，就看到一群超音蝠正在袭击一个很想研究员的人“皮卡丘，使用打雷赶走它们”小智立刻对着皮卡丘说道，“明白了”皮卡丘连忙使用了打雷“好麻好麻啊，为什么连我一起被电”好吧，连人也一起电了。（这时候小智和小刚每人收服一只超音蝠）看到超音蝠都飞走后，小智走上前去问道“你没事吧”
“谢谢你展示了我理想中人类与神奇宝贝之间的温馨友情，我是尼比市科学博物馆爱与勇气的研究员李科”而那个人在小智上前后，立刻握着小智的手激动的说。
“这些超音蝠为什么会攻击你呢，神奇宝贝一般是不会主动攻击人的”小刚这时问出了他疑问。
“那就要从这个洞窟说起了，跟我来吧”李科说完就向洞窟走去，小智两人随后跟着李科也走进了洞窟。
“你们看看这个洞窟，是不是很亮，就和白天一样，前几天来了一些奇怪的人把洞窟搞成这个样子，结果害得神奇宝贝的生活失去了平衡”李科边走边解释道。
“你的意思是，超音蝠是被这些光线害得失常的”小刚听后说道。
“没错，我是为了保护月见山不受破坏，才到处巡逻的”李科这时也说道。
“哦，原来你是在巡逻啊，可是这里为什么会受到破坏呢”小刚问道。
“因为这里盛产月亮石”李科说出了重要的原因。
“这里会什么会盛产月亮石呢”小刚听到后继问道。
“在这里，有一块来自宇宙的浪漫产物月亮石沉眠在这座山上，到今天除了碎石之外，什么也没有找到，传说来自宇宙的礼物月亮石可以加强神奇宝贝的力量这篇研究报告问世之后，越来越多的人为了得到月亮石，跑到月见山来搜索”李科继续解释说。
“原来是这样啊”虽然小智早就知道了，但还是装作不知道一