朱元璋见他并未反驳，怒气略微平息，端起桌上的茶杯，正待要喝。
方孝儒心中虽是有些畏惧，脑海中突然浮现出父亲生前在家中穿了十几年，打满补丁的布袍，和被押送刑场的惨状，只觉得胸中悲愤汹涌，再难自禁，突然抬起头来，眼角噙满了泪水的说道：“家父为官清廉，负责彻查的朝官，并无任何家父贪赃枉法的真凭实据。至于恩师宋濂，更和胡惟庸素无来往，又怎会身涉谋逆？”
朱元璋听他如此说，面色变幻不定，要方孝孺死虽易如反掌，但此人乃饱学之士，学问渊博，加之师出名门，是以此时在士林中已是颇具人望，杀之难免使得天下读书人对自己开设的科举择才望而却步。想到这里，朱元璋强压心中的恼怒。
看着方孝孺，朱元璋脑海中突然想起了他的老师宋濂，想起了和宋濂并称为“四学士”的那些人，青田的刘伯温，刘基，龙泉的章溢，丽水的叶琛，想起了号称明朝第一开国功臣的李善长，更想起了那些手无缚鸡之力却跟随自己走过元末乱世，建立大明帝国的那群读书人。
如今大明帝国建立还未满二十年，可以说百废待兴，更离不开这些满腹经纶的读书人。洪武四年自己曾下诏：自今年八月始，特设科举，务取经明行修，博通古今，名实相称者。朕将亲策于廷，第其高下而仕之以官，使中外文臣皆由科举而进，非科举者毋得与官。自洪武十七年开始，又实行每三年举行一次科举考试的定制。从下而上分为院试、乡试、会试和殿试。这一切不正是为了尽揽天下饱学士子之心，尽为我大明皇朝所用么？为何昔日我朝不保夕之时却能谦卑的对，宋濂等“四学士说出：“我为天下屈四先生。”今日成了万万人之上的九五之尊，却反而容不得他这个学生说两句真话了呢?”
想到这里，朱元璋忍不住长长叹了一口气，的面色逐渐温和了下来。他阅人无数，内心中自是透澈，对付这些自幼饱读“孔孟”的儒家士子，崇尚杀身成仁，舍生取义的迂腐书生，怀柔往往比刀剑有用。正要开口，突见方孝孺那激动得微微颤抖的身躯和那充满倔强的眼神，心中转了几个念头，突然改变了主意，低头喝着杯中的茶水，再也不去看方孝孺，只是挥了挥手，冷冷的道：“你去吧。”
方孝孺方才话出口后，心中难免忐忑，此时见朱元璋如此反应，不免大觉意外，转眼看到御书桌上那一堆奏折，犹豫之下还是一面跪拜，一面低声道：“望陛下多加珍重，草民告退。”说罢，躬身倒退几步，转身出殿而去。
朱元璋双眼冷