蓝星古代变法需要付出许多牺牲，连商鞅这个变法之主都没落到个好下场。
御史刘述、刘琦、钱顗、孙昌龄、王子韶、程颢、张戬、陈襄、陈荐、谢景温、杨绘、刘挚，谏官范纯仁、李常、孙觉、胡宗愈都因为与王安石意见不合，相继离开朝廷。
王安石很快提升秀州推官李定任御史。知制诰宋敏求、李大临，御史林旦、薛昌朝、范育弹劾李定违背孝道，皆被罢出朝廷。
其后吕惠卿因父亲去世离开朝廷，王安石便对曾布委以重任对他非常信任。
熙宁三年司马光三次写信给王安石（《与王介甫书》），列举实施新法弊端，要求王安石废弃新法，恢复旧制。
王安石回信（《答司马谏议书》），对司马光的指责逐一反驳，并批评士大夫阶层的因循守旧，表明坚持变法的决心。
之后神宗欲起用司马光任枢密副使，司马光趁机复议废止新法，神宗没答应，司马光遂辞职离京。
熙宁四年，开封百姓为逃避保甲，出现自断手腕现象，知府韩维报告朝廷。
王安石认为施行新政，士大夫尚且争议纷纷，百姓更容易受到蛊惑，神宗则认为应听取百姓之言。
熙宁七年春，天下大旱，饥民流离失所，群臣诉说免行钱之害，神宗满面愁容，欲罢除不好的法令。
王安石认为天灾即使尧舜时代也无法避免，派人治理即可，监安上门郑侠反对变法，绘制流民旱灾困苦图献给神宗，并上疏论新法过失，力谏罢相王安石。
同年四月，曹太皇太后、高太后亦向神宗哭诉王安石乱天下。
神宗对变法也产生了怀疑，罢免了王安石的宰相职务，改任观文殿大学士、知江宁府，从礼部侍郎超九转而径授吏部尚书之衔。
王安石罢相后，奏请神宗让吕惠卿任参知政事，又要求召韩绛代替自己，二人坚持王安石制定的成法。
吕惠卿掌握大权后，担心王安石回朝，借办理郑侠案件的机会陷害王安石的弟弟王安国，又兴起李士宁案件来倾覆王安石。
韩绛觉察到吕惠卿的用意，，秘密奏请召回王安石。
熙宁八年二月，王安石再次拜相。同年，王安石《三经义》写成，加封为尚书左仆射兼门下侍郎，吕惠卿外调为陈州知州。
王安石复相后得不到更多支持，加上变法派内部分裂严重，新法很难继续推行下去。
熙宁九年，王安石多次托病请求离职，同年长子王雱病故，王安