不便在内部亲自下手。
王允对吕布说你姓吕，奸贼姓董，父子只是名义上的，并非骨肉亲情，况且董卓现在已是众叛亲离，你难道还认贼作父吗？
你当他为父亲，平时他待你是儿子吗，吕布与董卓婢女私通，怕董卓发现报复，于是便答应下来。
这年四月，正当王允等人准备采取行动的时候，正逢天子大病初愈。朝廷百官在未央宫集合，恭祝天子龙体安康。
事前吕布派同郡骑都尉李肃等人带领十多名心腹亲兵，穿上宫廷侍卫的服装，潜伏在宫殿侧门两边。
当董卓大摇大摆地出现在侧门外时，立即遭到潜伏在门后的李肃等人的突然袭击，董卓急呼吕布，吕布手捧圣旨，大呼奉旨杀贼，董卓在绝望中被吕布所杀，并且株连三族。
董卓被杀朝廷上下一片欢腾，董卓祸国殃民的行径，激起了天下人们的极度痛恨，铲除董卓，不仅顺应时代潮流，而且合乎天下民心。
它的意义不仅仅只在于谋杀董卓一名国奸臣，而且还深刻影响着东汉末年的历史进程，司徒王允，用自己对朝廷的赤诚和一身正气赢得了铲除董卓斗争的胜利和世人的称赞。
董卓被杀后，王允录尚书事，总朝政，遣使张种抚慰山东，作为诛杀国贼的首要功臣，王允自然少不了朝廷的嘉赏和广大人民的称赞。
于是王允态度开始发生改变，似乎有些飘飘然起来，连董卓这样不可一世的大奸贼都死于我的手下，我还有什么可惧怕的呢？
他便对任何人、任何事情都无所谓，毫不在乎，甚至居功自傲，及在际会，每乏温润之色，杖正持重，不循权宜之计，是以群下不甚附之。
每当群臣集会，王允很少像以前那样和大家推心置腹，共同商讨权宜之计，而是正襟危坐，面无和悦之色，慢慢地群臣也不再像以前那样推崇和拥护他了。
当朝文学家蔡邕曾是董卓的旧臣，当听到董卓被杀的消息时，蔡邕正好和王允在一起，蔡邕感到很突然，不禁脸色大变，不由自主地发出一声叹息。
王允勃然大怒严厉指责蔡邕，董卓是国家的罪人，祸国殃民的罪行不可饶恕，你身为天子臣民，应该从大局考虑，从国家出发，共同声讨国贼。
不想你念及他对你的一点私人恩惠，竟然为他感到痛惜，这难道不是与董卓同一鼻孔出气吗，说完便不容分辩，立即将蔡邕押至廷尉处问罪。
蔡邕有口难辩，但作为文学家和史官，他为了完成自己未完成的事业，继续写成