己的能力。
童贯知道方腊起义是由于人民群众受不了花石纲的骚扰而引起的，起义爆发后，花石纲仍然没有停止，群众十分恼怒，如果不在花石纲上做点文章，要想平定方腊起义是很困难的。因此，他一到苏州，就命令幕僚董耘写了一个“御笔”，以宋徽宗老爷子的名义写了罪己诏，四处散发，宣布：罢免花石纲，撤消苏杭应奉局，有关官员一律撤职查办，假如以后谁还敢以供奉为名危害百姓，以抗旨不遵论处。这些做法，使宋军在舆论上得了一定的主动权。
同时在军事手段上，也是做足了充分的准备，先派宋军在江宁和镇江，扼守长江，防止义军顺江西上;然后集中精锐分两路进兵，分别由王禀、刘镇带领，向杭州和歙州开来，企图在睦州会合。
由于此前御笔罪己诏的宣传作用，老百姓既然认为皇上都已经认错了，被鼓动起来的大部分农民军便纷纷回老家农村，只有一小部分的起义顽固分子跟着方腊继续顽抗，由于由于起义军缺乏作战经验，兵力分散，战线拉得太长，一味攻打州县，没有建立稳固的根据地，并且对宋军的反扑缺乏足够的警惕，因而给了童贯以可乘之隙。
王禀所率的一路宋军先在秀州(今浙江嘉兴)打败了起义军将领方七佛，杀死了九千名起义军将士，进而攻陷杭州、睦州和青溪县。刘镇所率的另一路宋军也接连攻陷歙州、衢州、婺州，两路宋军按原定计划在睦州会合，围攻退守在青溪帮源峒中的二十万起义大军。起义军将士依据岩壁坚守，步步为营，顽强地抵抗宋军的猖狂进攻，七万人壮烈牺牲。最后，宋军从小路攻入峒中，方腊及妻子邵氏、儿子方毫、起义军丞相方肥等五十二人不幸被俘。童贯便派人把方腊等人押往京师邀功请赏，并且命令宋军继续残酷镇压分散在各地的农民起义军，这场镇压又延续了将近一年半才结束。
而恰逢童贯在东南镇压方腊起义之时，京师这边经过马扩等人的外交沟通跟金人确定了海上之盟，海上之盟是大宋朝廷派使节自山东登（今山东蓬莱）、莱（今山东掖县）泛海赴金，签订了共同灭辽复燕的军事合作盟约。由于双方地理上受辽阻隔无法在陆上接触，而需要海上经渤海往来而得名。
根据海上之盟约定，宋军要跟金军一起围攻辽国南京（燕京），而此时的宋军主力京师禁军及西北边军被童贯带到东南剿灭方腊起义，等到金国使者派人京师催促，宋徽宗老爷子还是坚持攘外需安内的政策，其金国使者等了几个月后，童贯率领的大军才凯旋而归，但是大军归来需要休整一段时