刘牢之其实暗捏把冷汗，他刚从王恭手中得到北府军，军心不定，而且两日急行二百余里赶至新亭，已是强弩之末，此时荆州军若发动进攻，北府军必败无疑。
殷仲堪已经得到庾楷后败、王恭身死的消息，船队行至芜湖便不再前行，与朝庭军兵僵持起来。
三个方镇起义军只剩下自己，殷仲堪心中忐忑，讨逆军如今成了叛逆，不知该如何收场。
朝庭知道荆州有三万兵马，战船近千艘，还有杨佺期、桓玄这样的勇将，北府军又尚未归心，亦不敢轻启战事。
趁朝庭兵马不敢分散，殷仲堪派出数只小队，袭拢四周，给朝庭不断施压，希望朝庭给个台阶，体面地回转荆州。
可是朝庭众臣没有体会到殷仲堪的用心，惊惧不定。
司马道子一连数日无眠，只有借助醉酒睡去，司马元显与王珣、谢琰等朝臣商议退敌之计，谁也没有办法。
这种对峙一直延续到十月初，左卫将军桓脩从句容奉旨还朝，一席话解除了司马道子的顾忌。
「……荆州军不足为虑。当初三家结盟，众人皆指望王恭，如今王恭兵败身死，荆州军忧惧交加。殷、桓、杨三人各怀心思，可诱之以利，巧为分化。」
司马道子问道：「依你之见当如何？」
桓脩是恒冲之子，桓玄的堂兄，对自己堂弟的心思很明了，道：「桓玄无非是想要权，而杨佺期不甘人下，若能运作得当，当可孤立殷仲堪，朝庭甚至可以借机掌控荆州。」
司马道子大喜，以朝庭名义下旨，任广州刺史桓玄为江州刺史；南郡相杨佺期为雍州刺史，诏郗恢回京任尚书；荆州刺史殷仲堪则迁任广州刺史。
桓家在荆州势大，司马道子决定让左卫将军桓脩接任荆州刺史，左卫将军府的文武官员转为刺史府官吏，并让刘牢之率兵千人护送桓脩上任。
这道旨意对殷仲堪极为不利，司马道子怕惹恼了殷仲堪，会斩了使者祭旗。司马元显推荐太常殷茂前往宣诏，殷茂是殷仲堪的叔父，殷仲堪总不能拿他如何。