军司马。
接着桓玄命大将冯该、皇甫敷驻守湓口，将沮水、漳水一带的蛮族百姓二千余户强迁至长江以南，设武宁郡。接着招纳流民，设立绥安郡。
朝庭召广州刺史刁逵、豫章太守郭昶之回京述职，途经豫章，被桓玄强行留住，不予放行。
桓玄强留刁逵和郭昶之，并非为难他们，而是应为按照朝庭制度，要旧官到达朝庭述职之后，新官才能上任，这两人滞留在豫章，朝庭便无法任命新的官员接替。
果然，朝庭得知消息，亦无可奈何。
军事上做出调整后，心腹谋臣卞范之建议他恢复郡丞制度，扶植亲信把控各郡内政事务。
郡丞制度始于秦朝，郡丞由朝庭直接任命，辅佐郡太守掌管政务，目的是为了朝庭能直接干预地方政治。东晋时数次废用，晋康帝咸康七年再次废除后，一直没有恢复。
桓玄夺取荆、江、雍三州后，为了避免与朝庭直接爆发冲突，没有赶走朝庭任命的各郡太守。现在自觉羽翼丰满，桓玄当然要加强各郡的控制。
私自任命亲信为郡丞，各郡的兵力都掌控在桓玄手中，很快郡太守便成了聋子的耳朵--摆设了。
经过这番调整布局，桓玄自觉兵强马壮，比起父亲当年尤胜三分，野心勃勃地虎视着京口。
在桓玄的暗示下，各地纷纷呈献祥瑞，为其鼓旗造势，开始迈出代晋之路。
得知孙恩败走，桓玄不想朝庭安生过年，向会稽王司马道子上书(1)，直斥朝政之非。
在给司马道子的信中，桓玄替王恭之死鸣冤，斥责忠贞之士被排斥出朝堂，执政者任用求利小人，致使孙恩为祸；而在朝君子，「惧害及身」，吏部尚书车胤、御史中丞江绩被冤杀，言下之意要为朝庭拨乱反正。
朝庭执政的是司马元显，信却写给司马道子，这也表明了桓玄对司马元显子夺父权的不满。
桓玄的信没有送到司马道子手中，而被门下省转呈到司马元显手中。
司马元显见桓玄毫不掩饰地表达对自己的不满，吓得颜色更变，急召亲信张法顺、王诞等人商议。
张法顺等人看过信后，王诞面色惨白地道：「南郡公不臣之心跃然纸上，尚书令要早做预防。」
司马元显瞪了一眼王诞，真是废语，目光看向张法顺，道：「先生，你认为该如何处置？」
张法顺脸色凝重地道：「桓玄继续家世的名望和资历，吞并荆、江、雍三州，势力雄厚。尚书令掌握中