长江经建康城西这段总体由南往北方向，从长江进攻建康的路线有几条：其一，从新亭登陆，走朱雀门攻打建康城宣阳门，当年桓玄便是这条路线；其二，由新亭北上，由淮口入秦淮河西端口，秦淮河与青溪、运渎沟通，环绕建康城四周，进入秦淮河意味着可以从建康城任何一个方向发动进攻；其三，过淮口继续前往西北的石头城，取石头城后可以进攻建康城西面的西明门；其四，过石头城继续往北，至白石垒登陆，控制建康城北，舰队可入玄武湖由北进攻。
刘裕为应对卢循的进攻，在新亭通往朱雀桥之间筑越城坞，派建武将军王仲德率军驻守；在淮口立查浦坞，以参军徐赤特防守；石头城，最为重要，既可扼守建康城西面，南下可援淮口，北上则救白石垒，是中枢位置，刘裕准备亲自防御，刘穆之、刘怀慎、沈田子、沈林子等人跟随，刘怀慎是刘裕从母弟，刘怀肃三弟；在前往白石垒的江道弯处卢龙山下立廷尉寨，以刘敬宣率军屯守；丹阳郡由参军禇叔度镇守；广武将军刘怀默守建康城东建阳门，建康城北华林园中立药园坞，以龙骧将军虞丘进守护。
此次伐燕刘裕缴获千余披五色虎斑甲的南燕铁骑，刘裕让宁朔将军索邈统率，在淮口与新亭之间驰骋，扬起尘土以做疑兵。
八艚舰，卢循望着东岸滚滚烟尘，心生疑虑。船舰上乱军亦望着长长的烟“龙”窃窃私语，不少人面露畏惧之色。
徐道覆大步登上船顶，兴奋地道：“卢公，请下令全军在新亭白石登陆，破釜沉舟，夺取建康城。”
卢循指了指扬起的烟尘道：“刘裕事先伏下轻敌，不可轻敌冒险。据细作报，大军未至尚书左仆射孟昶望风自杀，这表明朝廷内部不稳，我等只需屯军于此，保持威压之势，朝廷自会派人请降。何必要与朝廷兵马决一死战，损伤兵士，且按兵待变。”
徐道覆见卢循下令，让舰队前往停驻在蔡洲。徐道覆仰天长叹道：“临战不决，我等恐死无葬身之地。”
查浦坞上，刘裕见乱军船只在新亭停往，脸色大变，环顾左右道：“贼人若从新亭登陆攻打建康城，其势不可当，只有退让，固守建康城待援。”
焦急地眺望着江上船舰，看到船舰回航停靠在蔡洲，刘裕长出一口气，笑道：“没事了。”
五月十五日，刘毅狼狈不堪地逃回了建康城。桑落洲战败后，刘毅逃往南岸，生恐被敌追击，专走蛮荒之地，随从数百人因饥饿疲惫陆续身亡，跟他一起逃回建康的只剩下十之二、三。
刘