入主长安城后，杨安玄忙得不可开交。先将已死的姚兴枭首装入木盒，对外宣称入宫后将秦皇斩杀，可以减轻一下太子姚泓的罪责。
姚泓归降，少了许多伤亡，杨安玄无意诛杀这位降太子，是死是活看建康处置。
将首级、玉玺、重器以及包括姚泓在内的秦国宗室百余人，捎带上梁喜、窦温等重臣一股脑装上战船，让刘衷通过水路将他们运往建康城报捷。
接下来处理俘兵，抓获大夏俘兵八千四百余人，长安城秦国降军近两万人，这些人暂时关押在城南的军营中，若不及时处理这些人将是隐患。
将大夏军和秦国军队打散分成两部，杨安玄命杨思平、赵田各率三千精兵、八千屯军押运这些俘兵前往上洛和弘农安置。
这些俘兵多是青壮，这些人若能顺利充实到雍、司之地，能让治下实力大增。但要这些人背井离乡，路上可能发生意外，杨安玄暗示两人，若有俘兵作乱，不妨杀之。
紧接着杨安玄将宫殿以及书籍封存好，宫中仅留少许内侍、宫女维护，其他人迁出宫外。杨安玄把从宫中得到的珍宝赏赐给出征将士，许诺将宫中所得女子赏赐给有功将士，。
要安抚百姓，当务之急是赈济灾民。赈灾粮不足，杨安玄让赵田带了张锋、沈庆之查抄秦国王公贵戚的府邸，抄这些人的家秦国百姓只会拍手称快，有利于安定民心。
有人舍命不舍财，试着凭家世讲讲道理，结果用人头造就出晋军的凶残，让秦国王公大臣对亡国有了深刻的理解。
为防止兵马四处抢掠，杨安玄在咨议殿召集麾下文武以及秦国降官约法三章，不准随意抢掠，不得侮辱妇女，不可妄杀无辜，违犯者斩。
杨安玄将得到的后秦国土暂划为北雍州，以王镇恶为刺史，主持军政事务；阴绩为州别驾、岑明虎为州治中、蒯恩为州司马；又命秦国降臣赵琨为京兆尹，让他安抚长安城中士族百姓，组织补种、补耕。
根据黄富提供的名单，任用了一批暗中向晋军投诚的秦国官员，这批新贵多是熟人，见面后方知对方早已向晋军投诚。
这批人原本处于秦国的低层，上位后为了表现出自己的价值，做事卖力，唯恐被人取代，对待曾经的上司、同僚分外严苛，杨安玄借助他们迅速地稳定住官场政体。
待局面控制住后，杨安玄留下两万兵马归王镇恶统辖，将蒯恩、岑明虎、阴绩、周超、冯衡等人留在其麾下，自己与朱龄石、张锋、沈庆之等人带了两万四千兵马出城驻扎