在平定福建境内的蛮人之乱后，唐军又转入了平定土匪的战斗。唐军向一些与官府合作的部落征兵，一批熟悉山林的蛮人进入了唐军。
剿匪是非艰难的，但是唐军祭出了“只办首恶，不问胁从”大招之后，又实行就地处决的政策，一些匪首一旦被抓就地处决。
一颗颗人头挂出来之后，许多土匪感觉到了唐军的决心，开始放弃原有老巢逃进了更深的山区。
然而唐军紧追不舍，他们对山林同样熟悉，甚至比土匪更了解山林。这使得土匪中很多喽啰产生了绝望，他们纷纷趁机溜出来向唐军投降，并指引唐军攻击土匪藏匿之处。
在内外交困的情况下一些土匪被剿灭，一些土匪下山投降，一些逃进雇主的家中寻求庇护。
经过了一年多的艰苦奋战，唐军剿灭了大大小小一百多股土匪，斩杀两千余人，俘虏五千余人。惩治了五十余家与土匪有直接关联的乡绅土豪，缴获了一大批武器、粮食、文件。
修路大军发展到了万余人，在福州、建州、泉州的八姓族长坐不住了。他们纷纷赶到长乐经略使府衙认罪，并在章文怡的威胁利诱下乖乖的交出了大量的造船工匠、水手和赎金。
章文怡还迫使他们签署协议，废除家族内部私刑，交出里长、村长的权利，改由长乐经略府任命。
从此在福建的地方势力遭到了沉重的打击，官府势力大涨，基本上彻底的控制了福建全境。
第三年长乐经略府治下的皇家造船厂研制出了三百七十料的大型三桅战舰。
通过研制新型战舰，建立了造舰的制造标准和制造工艺，并编写了新型战舰的操船守则。
同时根据造舰经验发展了三百五十料的海船，这是迄今为止最大、最快的商船。这种商船一经出现立即受到了泉州海商的注意，许多海商纷纷要求建造购买。
惹杰的长乐海军在装备了新型战船之后实力大增，在通过一系列的招募之后长乐海军扩大到了七千人，拥有福州、泉州、漳州三处军港。巡逻范围已经扩大到了浙江南部和广州北部地区，并开始对距离海岸比较浅近的海匪进行清剿。
由于福建境内治安良好，大量的商人涌入。长乐经略府又在福州、泉州、漳州设立了市舶司，对海上贸易进行收税。
章文怡在福建初具规模之后奏请朝廷委任了唐军首领张宗升为长乐经略使，并将权利完全移交。同时任命随军长史易飞为皇家造船厂厂监，负责监管造船厂，还任命了三地的市舶使。