，郑从谠卸任回朝，出任刑部尚书，后又任吏部尚书，次年再次拜相。
当时沙陀强盛，李国昌、李克用父子占据云朔等州，屡次南侵，河东军内部也矛盾重重，兵变频发，朝廷陆续派窦濣、李侃、李蔚等重臣出镇，但都难以遏制。
八年前，广明元年，河东兵变，河东节度使康传圭被杀，郑从傥临危受命为检校司空、太原尹、北都留守、河东节度使，空降坐镇河东。
郑从谠到河东后，征辟大批名士，任命王调为副使、刘崇龟为节度判官、赵崇为观察判官、刘崇鲁为推官、李渥为掌书记、崔泽为支使，组成强大的幕府，时人称为太原小朝廷。
郑从傥虽是文人出身，外表也温和有礼，但性格却多谋善断，到达河东后，他将兵变组织者屠戮一空，迅速收拾了河东乱局，河东军政大权尽揽于手。
黄巢攻陷长安后，郑从傥即命牙将论安、后院军使朱玫统领五千兵马，随部将诸葛爽主力入关平叛，得知河东军主力调离，李克用趁机攻杀太原，自称奉诏入关。
郑从谠知道他不怀好意，遂闭城戒备，并登上城楼勉励李克用，让他报国建功。
李克用被说得哑口无言，无奈领兵离去，暗中却指使部将大肆劫掠，郑从谠也毫不手软，率军把沙陀军打得大败，李克用仓皇北逃，从此不敢窥伺太原一眼。
不久，一名部将擅自撤军而回，郑从谠大怒，集合各部将校，当众将其斩杀。
六年前，僖宗命振武节度使契苾璋征讨李克用，郑从谠奉命协助作战。同年十一月，朝廷赦免李克用之罪，让他出兵征讨黄巢，立功赎罪。
李克用命大军绕道岚州、石州一带沿黄河南下，本人则率数百骑前往太原拜见郑从傥，与郑从谠表了一番决心后离开，郑从谠则给李克用赠了一匹名马作为坐骑。
李克用从来天不怕地不怕，一生不曾畏惧过谁，但他却服两个人，一是僖宗，另一个就是郑从傥，对于郑从傥，李克用不敢有丝毫冒犯之心。
发兵长安逼迫朝廷驱逐田令孜时，李克用之所以退守河中，没有跟着其他人一起打僖宗，一是因为的确听僖宗的话，本意只是驱逐田令孜，二则是忌惮郑从傥。
收复长安后，李克用被授为河东节度使，接替郑从谠，郑从傥返回长安再次出任宰相。
黄巢之乱时，沙陀能为朝廷所用，并出兵平乱，杨复光有一部分功劳，二则是因为郑从谠镇守太原重地，当时郑从谠的同族郑畋也以宰相出镇，传檄讨贼，首倡大义