世界上。出动的联合国军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但全部失败。就连威力最大的N2炸弹，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。
与此同时，一个名为碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信，被其父源度呼唤至第三新东京市地下的NERV本部。
面对许久不见的儿子，碇司令所说的只是：“坐上EVA。”
真嗣拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘坐初号机出击时，他改变了自己的决定。
在没有受过特殊训练的情况下，真嗣就和EVA达成同步和使徒作战。发射后与第三使徒对峙的初号机，因为真嗣不熟悉操作，也无实战经验，在头部遭到使徒的攻击后活动停止。
真嗣昏迷后初号机奇迹般地再启动，在失控的状态下，用压倒性的战力将使徒击溃。
面对冷漠的父子态度，葛城美里提出要真嗣与她同住的要求。美里对真嗣作战的成绩表示赞赏，但真嗣希望这话是出自另一人之口。
这是前面一、二两话的内容，在这两话之中，其实已经有许多让读者们感到异常精彩的地方，首先便是来袭的第三使徒水天使的设定，可谓异常精彩，各方面都让人觉得非常有想象力。
其次便是第三新东京市的地下空洞以及EVA初号机、力场这些科幻方面的描写，脑洞惊人。
而且动画中采用了不少堪比电影大片的特效演出，效果那是相当炸裂，整部动画华丽精美，许清如将她最擅长的画风，发挥到了极致！
与《魔法少女小圆》前面两话较为平平无奇相比，《EVA》的前两话就引爆了一个剧情上的高潮，那便是初号机的暴走逆袭！
许清如版的《EVA》本来就是参照原版动画来的，只不过她将画面弄得更加精美、高大上，人设也更加美型，其余的地方改变并不大，作品中同样也运用了强烈意识流手法，大量宗教、哲学的意象，充满了逼格。
就连每一话的标题都有中文主标题与英文副标题，比如说第4话的副标题Hedgehog's_Dilemma，Hedgehog是指刺猬，Dilemma意为困境。含义便是刺猬希望给予朋友们温暖，但它越是靠近越会伤害别人。
事实上，在第三、四话，就已经展现出意识流的风格了。
真嗣的生活因为当了EVA的驾驶员而起了巨大的变化，但在某些方面，他反而受到遣责。
就像许多剧中的为了人类而战的主人