在《瘟疫公司》里，病毒不会主动扩散，靠区域内的人被感染之后到别国旅行才能扩散出去带到世界各地。而病毒本身可以进化，病毒感染的人越多，玩家就会得到更多的病毒点数，然后在天赋树上点出更恶毒的致病基因，使得病毒更不容易被医生发现，致死率更高，传播更迅猛。
有些瘟疫种类是需要花钱买的，这是游戏的收入模式。其中又以潜伏属性非常重要，因为医生一旦在病毒爆发之前发现它，就会制作疫苗、隔离疫区等等，使得病毒胎死腹中。然后是难度选择，最高难度的医生从不下班，而且执行最严格的检疫标准。
剥下所有的包装来看，其挂机机制可以拆分成两条线，第一是成长，第二是扩张。成长是由玩家手动操作+随机的，系统有时候会在挂机图中给瘟疫以随机成长，甚至是玩家不想要的成长，必须花点数给点回去，而扩张路径和目的地是完全随机的。
赵杰团队看了声叔的大纲，发现《无道昏君》里有很多江湖势力，这个帮那个派某某堂的，于是就把《瘟疫公司》这套瞎捷豹整叭整叭，变成了以下设定。
网游模式肯定没有难度选择这一说，难度都是融入到游戏探索线上的。玩家扮演一个江湖小虾米，在给定的地图中选择出生门派帮派成为弟子，然后开始挂机。挂机得到的是武功潜力。然后玩家可以通过玩法、花钱购买以及挂机掉落等等方式得到武学残卷或者整本的武学秘籍，再消耗潜力学习上面的招式乃至突破到第二段第三段获取新的技能特效，用来战斗。
消耗的武学潜力都会转为玩家经验，用来提升等级，提升基础属性。这个等级非常重要，因为小虾米在门派中想要升格，等级是必要条件。充分条件是完成门派指定的战斗，替门派开疆扩土增大影响力，地盘越大挂机掉落的道具品种就越丰富，如果战斗失利也可能丧师辱国门派收缩。
挂机不但涨潜力掉武学，还会掉落其它道具，比如练功房摆件增加效率等等，需要玩家经常上线清背包，这些都是常规玩法。这个游戏的核心玩法是秘籍、残卷、招式以及对应的核心战斗，也是让楚垣夕比较皱眉头的地方。
按赵杰团队提交的策划文档，玩家每一招要在美术上表现为一套动作，对应武学秘籍上一个招式。武学残卷只有一招，秘籍由同一系列的残卷合成，招数的多寡是一套秘籍牛逼与否的重要判断标志，因为招数多了之后还能触发连招。
玩家只能装一本秘籍或残卷在身上，战斗的过程中不能手动控制，角色在平砍和放招