一、内科
(一)杂病
两宋时期是中国医学史上一个高度发展的时期，尤其医学理论研究的深化是此期医学的一个显著特点。这一特点也相应地反映在此期内科杂病学术的发展中。
病因病机的理论发挥
南宋医家陈言在《三因极一病证方论》中提出著名的“三因论”还注意到致病因素相互间的密切联系，并以之论证杂病的发病原因。如咳嗽，“要之内因七情，外合六淫、饮食、起居、房劳、叫呼、皆能单复倚互而为病。”陈言强调多种因素复合性变化的思想，揭示了导致疾病产生的内涵所在，这不能不说是病因学的一个进步。
病机理论的发展至宋代有了新的趋势，主要表现在对阴阳偏颇、生克等机制的强调上，杂病病机尤多体现，以体内阴阳的偏胜。说明了在病理上的变化和属性以及临床上的各种表现。
气机的升降乖逆也颇受重视，如《扁鹊心书》记载脾胃损伤，升降失调，可导致怔仲。
《济生方.吐衄》指出：“夫血之妄行也，未有不因热之所发。盖血得热淖溢，血气惧热，血随气上，乃吐衄也。”对胸痞的病理，也认为是“下虚，气上控膈”所致，与气机的升降不无关系。
两宋时代盛行一时的“运气”之说，亦波及到杂病病机理论之中。如《史载之方》叙述了“夫病之所起，其来有根源，其次有传受，其传有刑?”的发病规律，就是脏腑间五行生克乘侮的病理机转。
辨证理论的进一步系统化
宋以前，不少医家则重汇集方药的倾向较为明显，至北宋初叶，这种情况仍然存在。而在两宋时期，辨证理论得到了较为全面的发展，除源于仲景《伤寒论》的六经辨证和八纲辨证理论得以进一步深化外，还提出并初步形成了主要运用于内科杂病的脏俯辨证理论。
北宋著名医家钱乙博学而有创意，他根据《内经》五行学说及脏腑分证的理论，总结了一套以五脏虚实为纲领的辨证方法。他认为，五脏有所主之证，同时又有虚实之别。如：心主惊，为神明之府，邪气忧心，或心脏内虚，则神失其守而发生惊悸不安。其因于邪实者，则兼有发热、口渴、心胸烦热等，其因于虚者，则于卧寐之中悸怯不安。钱乙虽在辨证中结合小儿生理病理特点进行论述，但仍不失为脏腑辨证纲领之雏形。
杂病的治疗与“局方”的流行
成书于北宋大观闰目的《和剂同方》(习称“同方”)，颇能体现此期内科杂病的治疗思想普遍存