初期是卫所制，中后期则募兵制与卫所制并存。募兵称之为营伍兵，编制、待遇与卫所不同，营伍制下，将官分别为总兵、副将、参将、游击、千总、把总等。
而卫所制为都指挥使、指挥佥事、千户、百户、总旗、小旗。一个卫为五千六百人左右，营伍制一营的兵力大约在两千两百五十人到四千五百人之间。卫所部队有土地耕种，而营伍兵有军饷可拿。
究其本质李安还是采用了募兵制，只是增加了些许卫所制的兵制，四人看过后，都表示可以，支持李安调整军制。
随即李安便把两万余人先编为三个不满员镇，新编第一、二、三镇，吴三省领第一镇，靳统武领第二镇，雷朝圣领第三镇。三镇没有募兵权，募兵由马思良募集，缺少的兵员数由马思良募集后补充到各镇。
李安吩咐马思良今日起便在孟艮府和元江府两地募兵，又重新制定了今后士卒及军官的粮饷，事不宜迟，几人决定今日便开始划分三镇，粮饷从下个月开始按新规分发。