最后的战役被命名为“暮光”，精疲力竭的亚特兰蒂斯人与以逸待劳的卓金虫族在卓金星上展开了殊死的战斗。
卓金虫族在科技方面远不如亚特兰蒂斯人，可它们胜在数量庞大而且繁殖速度极快，亚特兰蒂斯人刚刚清理出一块无虫区，却发现要不了几个小时，来自四面八方的虫子就会重新填满这一区域。
由于虫族的繁殖能力实在是太恐怖了，亚特兰蒂斯人想尽了一切办法都没能彻底清除卓金星上的虫族，虽然已经消灭了虫族所有的科技设施，使得这些虫族再也没有机会离开卓金星，可为了防止卓金虫族的再次崛起，绝望的亚特兰蒂斯人在近地轨道上发射了一枚星弹，灿烂无比的爆发之后，卓金星从此彻底的消失在太阳系的版图之中。
千年战争结束了，疲惫不堪的亚特兰蒂斯人再也无力回到自己的母星，飞马座的51PegiD，他们选择在地球上进行休整。
让所有人没有想到的是，选择地球这个卓金星的邻居做为修正基地实在不是一个明智的选择，换句话说，是一个非常愚蠢的选择。
在全银河系都在遭到奎雅维洛人侵略的情况下，偏偏与卓金星一衣带水之隔的地球看上去却相安无事，这虽然让觉得有些难以理解，可当时的亚特兰蒂斯人所有的注意力都在卓金虫族身上，并没有注意到这一点。
很多情况下，一个小小的疏忽就会造成形势逆转。为了不影响地球本身的文明进程，亚特兰蒂斯人选择了一块与世隔绝的大陆，当时只有少量的人类活动的迹象。
在地球上，最后的亚特兰蒂斯人按照记忆中的母星建造了一座城市，并将其命名为亚特兰蒂斯城。在他们的科技理论中，宇宙宇宙的本源被浓缩到了一张小小的太极图上，就凭这这张小小的太极图，亚特兰蒂斯人才最终将卓金虫族赶回了老家，连同卓金星一同抹去。
太极图的作用在亚特兰蒂斯人这里并不是用来驱鬼辟邪，而是为了调动并吸收宇宙中最本源的能量供自己使用。与人类现在正在开发的核能相比，这种能源更加纯净更加稳定，而且取之不尽用之不竭。
经过数千年的努力，亚特兰蒂斯城终于初具规模，人口也开始缓缓的恢复。虽然亚特兰蒂斯人行事非常低调也很小心，可数千年的时间里总有出现在地球人类视线里的时候，由于当年的人类无法理解，因此形成了各种各样的神话、宗教等等，而高高在上的亚特兰蒂斯人则成为了那些人口中的“神”。
卓金虫族被消灭了，可狡兔三窟，狡猾的卓金