一连数天的时间，墨菲就在蜂巢之中游荡，并且代替红后执行智能系统的工作，保证无人发现他的存在。而生化危机的起点事件终于爆发了，作为开始的重要人物，和爱丽丝同样是保安人员的史宾斯·帕克斯，这天进入了蜂巢。
他离开了自己的工作岗位，蜂巢的外部入口伪装成一栋古老的别墅，充满了欧洲建筑的风格，由爱丽丝与史宾斯·帕克斯两人伪装成夫妻守卫这里。
然后今天史宾斯·帕克斯进入蜂巢，乘坐电车进入通道，而他的身份则是被篡改了，这种入口的守卫现在竟然有权限进入蜂巢的内部，病毒存放的重要区域，墨菲对此并没有阻挡。
而蜂巢内部的保安也没有阻挡，保护伞的安全措施很多依赖于计算机系统，或者说是红后，只要提高了保安级别，那么其它人根本不会去复查你的身份。
史宾斯·帕克斯一路来到了病毒存放的位置，将病毒小心的拿出来放在一个特质的箱子里面，离开的时候，他特意打碎了一支t病毒。病毒扩散进入通风系统，随后会扩散到整个基地之中，而墨菲也将执行红后的防御措施，没有改变、也没有增加，完全的执行红后的防御步骤。
整个蜂巢之中五百多人即将死亡，对此墨菲根本不在意，他在‘矩阵’世界杀戮数十万，那才是真正的杀戮，而这里的人类感染了病毒，他们再被杀死之前其实已经等于死了。各种防御手段启动，将所有人杀死隔离起来，红后的手段确实是正确的，如果保护伞不派人进入这里的话，那么病毒将会永久封闭。
可惜的是，保护伞要的就是病毒扩散，同时还有对克隆人的实验，爱丽丝就是现在最好的实验体，她本身就已经被注射过病毒了。应该说，爱丽丝是最为成功的病毒注射案例，她不单单强化了身体，同时大脑也得到了强化，产生了念力，只可惜这种能力有很大的限制，使用的次数极少。
蜂巢之内的人类全部死亡，并且被墨菲关了起来，限制了他们的行动，而这些病毒感染者全部静止不动，或者在一些位置不断的游荡。
丧尸只剩下饥饿感，一旦闻到肉的味道或者听到声音就会扑过去，墨菲按照红后的逻辑思维将他们控制在固定的区域之内，随后就是要等待爱丽丝和雇佣兵小队的进入了，时间不会太久，现在爱丽丝因为保安机制昏迷着。
……
几个小时之后，一队雇佣兵气势汹汹的冲入了别墅之中，看上去他们很酷，但是墨菲却很清楚，这是一队克隆人雇佣兵，他们的实力其实不太好，