按照朱由校的想法，中军都督府还只是试水。
试试到底有谁反对，试试到底谁跳的最厉害，为此，朱由校甚至做出了大开杀戒的打算。
天下间没有不流血的改革，既然现在时机成熟，更没什么好犹豫和退缩的。
整顿中军都督府，就和在山东推行新盐法一样，张维贤、温体仁，都只是朱由校这副权利棋盘上的棋子。
说起组建五军都督府，朱元璋的目的也很简单，就是要利用五军都督府，让后世之君直接掌控武将。
掌控了武将，做什么都有底气。
洪武初年，朱元璋以自己的侄儿朱文正担任大都督，其最直接的目的，便是通过扶持朱文正，来确保军权的掌控。
其实，朱元璋这种计划带有长期性，对初代甚至第二代的皇帝影响都不是很大。
因为从改制的人事调动来看，朱元璋首先是将诸将纳入自己的直接掌握的中书省内，但中书省这种军政合一的领导体制，只是为了适应战时的需求。
一定程度上来说，就和朱由校利用崔呈秀临时掌控兵部来间接性的收回兵权一样，都是权宜之计，并不适合于将来的政权建设和皇朝延续。
而朱文正任职大都督府大都督，就可以确保之后中书省军政分离，军权继续能够掌握在朱元璋手中。
但是朱元璋没想到，仅仅几十年之后，一场土木堡之战，摧毁了他的全盘部署。
朱祁镇的纨绔自大，不仅葬送了统领五军都督府的英国公张辅，也让朱元璋留下来帮助历代皇帝掌握兵马的武勋集团彻底葬送。
在那之后，五军都督府地位一落千丈。
兵部逐渐合并了五军都督府的职权，军政一体，某种方面又和明初的中书省类似。
甚至于到现在，五军都督府完全已经形同虚设，全部的职权都已经被兵部接管。
五军都督府的官职，对武将来说，只相当于“兼赠”，完全不需要述职，寻常军务都由地方文官接手，再由文官上报兵部。
五军都督府既不能管理武将的升迁调动，也不能插手卫所屯田和寻常操守，已经完全丧失了统管天下兵马的职能。
朱由校现在要做的，其实只是恢复祖制。
有些祖制需要唾弃，朱由校没有半点愧疚感，因为时代需要进步，同时，有些祖制则需要恢复。
五军都督府直属于皇帝，只要五军都督府的职权仍在，皇帝就拥有对地方武将的直接控制。