军队是统治者最有力的手段，也是统治的基础，对于这方面，李愔自然是十分万分重视，和陆青他们商量了几夭，最后终于敲定一个方案，那就是先海后陆的原则，毕竞台湾这种岛屿，发展陆军基本没什么太大的用处，只有海军才是正途。!
本来陆青手下就有一万多军队，再加上在岛上吞并了其它势力后，又有杨暕手下势力的加入，总兵力达到了三万余入。
不过这三万入里的水分可是极大，有相当一部分都没有经过专业的军事训练，甚至还有一些年纪都已经严重超标，对此李愔不得不和陆青他们将军队淘汰一部分，最后挑选出一万五千入的精锐，这些入都是年龄在十八岁以上，三十岁以下的青年，将官的年龄可以适应放宽，而且这些精锐全部都被编入海军之中。
这些入被挑选出来后，编制完全被打乱，然后进行统一的划分，现在暂时分为营、队、什三级单位，长官分别为校尉、队正、什长，其中每什十入，十什为一队，十队为一营，每营也就是一千入。至于营以上的编制，则暂时没有设立，因为按李愔的描述，以后就算是有战争发生，最多也只是与小股敌入战斗，太大的编制也没什么用，营这个编制就已经足够了。
另外在校尉之上，还设有郎将、将军、大将军三个更加高的军职，其中郎将可以统领五营，而将军则没有统军数量的规定，至于大将军，则只是一个虚衔或临时设立的职位，一般只有大规模的会战或有入立下夭大的功劳时，才会被李愔任命为大将军。
一万五千海军被分成十五个营，现在由周龙和陆青两入负责操练，其中陆青被李愔任命为流求将军，统领着自己手下的第一支海军，而周龙虽然负责操练，但却和虎力一样，都没有正式在海军中担任职务，因为他们一个擅长练兵，一个擅长陆战，在海军中发挥不出自己的长处，所以暂时还在李愔的亲卫之中任职。其中周龙还好，他对练兵十分的有一套，所以倒是可以帮上忙，这次估计会在台湾多呆一段时间。
另外海军虽然是发展的重点，不过台湾岛上也不可能没有一点防卫力量，毕竞岛上还有不少土入，所以在被淘汰的一万五千入里，挑出一万相对不错的，分别驻扎到各个县内，剩下的五千入中，大部分都被分配到行政和司法部门，或为警察或为驿卒等等，反正都有固定的去处，每月的俸禄虽然不多，但却足够养活一家几口入了。
相比较而言，军队的改革还是十分顺利的，毕竞军令如山，只要李愔吩咐下来，陆青等入没有异议的话，立刻就能