朱翊钧在二月初要求内阁、兵部尽快整理出南苑宫室，成立武学，以百日为限完成。
但朱翊钧忽视了一个问题，这南苑宫室他带着人去住没问题，但改成学校——这违制之处多如牛毛，甚至可以说拆了重建都比改建轻松。
内阁移文礼部、工部，组织精通礼制官员和匠工，参与到改建计划之中，这三个部一起共事——每日扯皮之事就让张居正焦头烂额。
直到王国光入阁，专责抓总南苑武学兴建之事，这进度才大大加快。到了六月底，这南苑武学才有了大模样。但万历二年京师雨水多，这油漆等项装修扫尾现在还在施工。
不光建设进度不如朱翊钧的意，按照他提出的办学指针，这机构架子搭的也慢。三月底，领导人选才基本选定，教材开始编撰。
武学按照朱翊钧的设置，设山长一名，皇帝亲任；副山长五人，常务副山长戚继光，已经履职；副山长定国公徐文壁，分管训练和招生，已经履职；副山长谭纶，负责武器装备和教学设置，兼职；副山长葛守礼，分管教务，兼职；副山长张鲸，负责后勤。
因为这武学领导眼见着是皇帝重要核心圈人选，各方势力为了这副山长职务几乎打破头。连李太后都接了命妇好几次请托。
张居正因要避嫌，在武学副山长选定一事上基本不参与意见，朱翊钧问了几次都不得要领。后来，只能乾纲独断，选了上述自家了解比较深的几个，暂时做了副山长。
大架子搭起来以后，指挥系、工造系、后勤系先后搭建。系主任人选为也重中之重，各边、各地总督，又是一轮你抢我夺。
内阁和兵部经过几轮讨论，仅指挥系就报王崇古和殷正茂、刘应节三人给朱翊钧，朱翊钧最后选择了两广总督殷正茂为指挥系主任，但此时尚未就位。后勤系选了漕运总督王宗沐；工造系人选，朱翊钧别有想头，由张鲸手下负责内府工造的周宣暂代。
而各系下设的马步协作科、水军科、火器科等科也都设置好，人选待三大系主任到任后，还需要一轮讨论，报朱翊钧批准抽调，此时尚未进行。
最后，朱翊钧在低效率下只能妥协，将开学日期定在万历三年的二月。这一年，除了兴建校舍之外，各卫所、边军的学员逐步就位。朱翊钧让戚继光领着跟着京营一起训练，要把纪律性先锻造出来。
此前，朱翊钧为向朝廷表示重视，几个月工夫已经视察两次。此际心情有些小郁闷，就叫上王国光和谭纶两个，各部官员和翰林若干。不用