明代漕运，最开始是漕军负责。自洪武后，即安排漕军在运河周边屯田，并负责运输漕粮、维护运河等任务，负责的为漕运总兵。
洪武时期，京师在南京，漕运任务非常轻松；为了打击蒙古而向北方和辽东的漕运，洪武时期一直海运为主，最高时一年七十万石全靠海运。
永乐迁都北京后，开始时候是海运、陆运和河运并举，第一任漕运总兵为平江伯陈瑄，当时他管着运河、陆地转运和海运三部分人马，鼎盛时期的海运在他的调度指挥下，也超过了七十万石。
陈瑄是京杭大运河历史上一个开创性的人物，京杭大运河在他的手上真正成为了明清两代的大动脉。
这个人为人实心实意，做事事必躬亲。他先疏通了会通河，后来又创造性的利用北方大小河流山体，建了好些水库来储水，并建设水闸数百，保证旱季运河有水可用。在他手上，最终实现了大运河的三千里贯通。
陈瑄一手建立起来的运河管理制度、储水方法，浅船制造、仓储分布等等运河维护运营办法，一直用到了清末。
在他创立制度时，将漕军改为两部分，一部分维护运河治安，保卫运河安全的，仍称漕军；一部分改为专门运粮，称为运丁。
到万历年间，吃饷银的漕军数量无太大变化，一直在四万左右；而运丁由于在运河两岸繁衍生息，从最初的八万正丁发展到三十余万。
明代运河上共有漕船五千艘左右。一船十个到十二个运丁，二十艘船为一帮，互相监督并取保做结，称为漕帮，整个运河共有漕帮二百五十个。——后世所言的漕帮属于半地下的黑社会帮派，虽然也是漕丁组成，但成立于雍正时期。
这些漕丁承担着运输任务，加上备丁，满打满算不超过八万人。那剩下的二十多万漕丁干什么？给漕军军官、各级衙门官员种地——种的还是曾经属于朝廷的屯田或者是朝廷不承认的圩田，基本处于半农奴状态，苦不堪言。
......
潘季驯上奏朝廷说，这治河使用的人力太多了啊。各地方征发劳役，耽误了田间农活，老百姓苦啊。既然朝廷有意用海漕了，那用不到的漕军和运丁俺潘季驯给包圆了——皇上，这些人未必够啊，您要严格要求各省、各地方，该征发的还得征发!
反对海运的官员一看这家伙跳出来了，立即集火攻击。说你吹牛呢，治个河能用五十万劳役？
潘季驯招架不住，征得朝廷许可，将原来分解下达的治河任务汇总起来，总计