行政班子建立起来之后，商毅的事情也减少了许多，可以把主要精力都投入到军队建设和军事后勤建设中去.枪杆子里出政权，在任何时代都是名副其实的至理名言。因此商毅也十分清楚，军队才是自己在这个时代立足的基础。没有一支强大的军队，其他一切神马都是浮云。
目前驻浙江的商家军一共有四个正式团，两个特种营，铺兵两千多人。共有名类火枪八千多枝，各种大小火炮两百余炮。虽然和这个时代的明军相比，商家军的火器比重以经很高了，但依然还是出现了很大的缺口，目前只有二、三、五团是装配全额的火枪火炮，新组建的第六团虽然也进行了火枪射击训练，但还没有装配上火器。暂时还是只能使用冷兵器。
不过在招兵方面，还是颇有成效，商家军入驻杭州一个多月，以经招募了两千多名新军，现在预备军也有近三千人。另外还收陇了相当一部份在叛乱中被打散的明军，也有三四千人，商毅将他们全都编到预备军中一起训练。如果再加上昌国卫的四千多人马，现在商家军后预备军又有一万左右，差不多又能编成三个团。
同时商家军还有近三万俘虏大军，经过了几个月的强制劳动改造之后，其中有一部份人的表现相当不错，商毅也预备，在开年之后，从俘虏中选拔一批人出来，补充到军队中来。而且这本来就是他计划中的事情。
但这样一来，火炮火枪的缺口就更大了。但这也是没有办法的事情，现在兵工厂的建设才是初居规模，就算是部份投产，至少也要等到明年二三月的时候。现在杭州只能配制枪炮的弹药，而其他从穆陵关迁过来的工匠和商毅在南京要来的工匠，只能暂时在孙和鼎的指挥下，做一些准备工作。而真正想要达到满足全军的供应，至少要等到一年以后。但到那个时候，军队的规模又会进一步的扩大，看来总是一个矛盾的问题。
在资金的物资方面，商家军南下之后，先坑了张献忠一把，在浙汢又吞了叛军搜刮的钱财，在入主杭州之后，共有存银一百三十多万两，不过现在花得也凶，一下差不多用去近三十万两。山东那边还有约六十万两的存银，总体来看供应一二年应该没问题。而在粮食储备方面，现在以经屯集各类米、面、杂米三十余万石，也很充足。有粮有枪，心里不慌。
不过丝绸厂虽然开业了，但想等到有收益，至少也要到半年以后。这事也急不来，毕竟这块根据地才刚刚打下来，百废待兴，一切只能慢慢的来。
而在海军方面，商毅陆续调集浙江各海防卫所的战船