不打算趁胜进军，全面占领台湾。因为荷兰可不比正在江河曰下的西班牙，就是丢了台湾也无力反击。而现在的荷兰正正处于国力的上升期，在另一时空里，十七世纪的后半段基本就是荷兰人的时代，“海上马车夫”就是从这个时候叫响的。
虽然以商家军目前的兵力，击败台湾的荷兰人并不是难事，但占领了全台之后，守不守得住，也是一个问题。荷兰人在台湾的驻军实力并不怎么样，但海上的实力却不容小视。一但驱逐了台湾南部的荷兰人，巴达维亚方面一定会出动海军，来复夺台湾，虽然目前的商家军海军的战船是够了，海军的素质还远远跟不上,因此也还不具备与荷兰海军相抗衡的实力，亚莉桑德拉的西班牙雇佣兵海军到是可以一战，但商毅并不想把希望都寄托在他们身上。
同时明淸鼎革的时候在即，以目前商家军的兵力来说，也不足以支持两线作战，商毅的主要精力还是在国内，在这个时候，商毅可不想给自己的背后再建立一个强大的对手。
另外还有一个重要原因，现在是中国沿海还有一支举足轻重的力量，那就是广东的郑芝龙集团。在被明朝招安之前，台湾一直是郑芝龙的地盘，而且郑芝龙与荷兰人也是老对手了，双方在十佘年前为了争夺中国沿海的控制权曾经过了数年的激烈争夺。
结果双方互有胜负，郑芝龙虽然稍占上风，但也不愿长期树敌，因此最后双方不得不互相都退让一步，郑芝龙退出台湾，让给荷兰人，同时荷兰人承认郑芝龙在中国沿海的控制权，不追求在福建进行贸易，而且双方同意进行贸易往来。荷兰保留通向马尼拉和巴达维亚的航线。但荷兰的对日本贸易，需经郑芝龙将中国特产运至台湾，转手之后，方由荷兰方面运往日本出售。
商毅也曾有过与郑芝龙联合对付荷兰人的想法，但郑芝龙也未必肯甘心，在联手击败了荷兰人之后，再将台湾这样一战略要地与商毅共同分享，螳螂捕蝉，还要预防黄雀在后，联合也是要以实力为基础的，关建还是在于商家军的海上实力太差了。不足以让郑芝龙和荷兰人感到畏惧。
相反，暂时把荷兰人留在台湾，并且与荷兰人达成一些合住协议，一方面可以稳定住商家军在台湾的统治基础，另一方面也能牵制住中国沿海的郑芝龙集团。因为如果商毅要发展海外贸步，早晚都会和郑芝龙发生冲突，而荷兰人是唯一能在中国沿海进行贸易的非郑氏集团船队，因此把目前的两雄争霸渐渐变成三国演义，借助荷兰人的力量打破郑芝龙的陇断地位，这才是当前最好的选择。