国军队大乱，部分部队为避免被围已经自行组织撤退。因没有讲明各部队撤退顺序，三四十万中国将士挤在几条公路上，被日军空军轰炸，大撤退变成了大溃逃，数十万将士在撤往南京时分散，为南京保卫战的失利埋下伏笔。
12万守军各自为战，无法统一作战，数天上海就告陷。
此次为中国军队第一次军种（空军、海军、陆军）和诸兵种（步兵、炮兵、坦克）大规模协同作战，协同效果很差：步兵逼坦克冲锋又不予以掩护，结果坦克被日军全部击毁；步兵失去坦克掩护后攻坚伤亡惨重，甚至出现一个营部队挤在一条街内被日军堵住街口全部击毙的悲剧。
11月中旬，在上海淞沪抗战失败已成定局，首都南京遭受巨大威胁的形势下，国民党中央和国民政府自料南京无法坚守，为坚持长期抗战，遂决定依照既定方针，作出了迁国民政府于重庆办公的重大决定。
11月12日，国民政府军事委员会委员长、行政院院长蒋介石与国民政府主席林森会商，决定迁都重庆。
16日，南京国民政府各机关除其最高长官留南京主持工作外，其余均自是日起离南京转武汉赴重庆。
17日，作为国家元首的国民政府主席林森率国民政府直属的文官、主计、参军三处的部分人员乘“永丰舰”启碇西上，从而揭开了抗战时期国民政府迁都重庆的序幕。
12月8日，中国国民党总裁、国民政府军事委员会委员长、国防最高会议主席蒋介石率军事委员会大本营由桂林飞抵重庆。
对于国民政府西迁，曹宁感到很难受。重生一世，历史还是原来的轨迹，没有因他的重生，而改变历史。
在11月30日，曹宁收到了戴笠给他的一份电报。
“值此民族危难时刻，每一个中国人，都是抗击侵略者的子弹。我希望你发挥你的才能，为国多作贡献。期望抗战胜利的那一天，我将十里外迎你回来。”
方杰的电报则是命令。
“从即日起，停止潜伏，命令你在战后开展活动，获取情报，为国出力。”
……
终于出水了！
出水后，曹宁最关心的是南京。
历史上，南京曾是千千万万中国人的痛。
淞沪会战末期，日军从杭州湾登陆，对上海进行翼侧包围。中国第三战区为避免上海作战部队两面受敌和为巩固首都，下令该地中国军队向南京外围既设阵地转移。日军于1937年11月12