无论如何，工程是热火朝天的展开了，甭管事先准备的多周密，问题还是接踵而来。作为总指挥的陈恪和沈括。不是在河工工地上，就是在赶往工地的路上，解决各种技术问题，协调各种复杂的关系。,
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好在老天保佑，许是去岁下雨太多，今年大旱、江水极涸，水位较往年低五六丈。在一道道陡门的作用下。初春时中下游得以基本干涸，所有险滩水上水下滩石俱露，十分有利施工。
工地上。承修官员先令夫匠伐薪运煤、用火攻烧那些巨大的滩石，因为石灰岩遇到高温，会分解转化为生石灰，变得松散酥脆。待火一灭，马上锤凿劈打，便纷纷瓦解。而且生石灰还是消耗量很大的材料，可谓一举两得了。
也有不用火攻的，工匠们用铁钎将巨石凿开小孔，打入木楔，并在上面浇水，木楔浸水膨胀的力量就可以将石块胀裂。这样得到的大块石灰石，都直接送去和粘土一起煅烧，现场制备水泥。
他们所开的船路，皆从滩身近水处层层疏宽凿深，不留槽形，使上下船支沿边行走，以避江心洪涛之险。同时，还在夹岸峭壁上凿出牵路两万多丈。其陡险之处，皆由工匠用麻绳缠腰，悬空铲凿，一锤锤，一寸寸凿出石缝，然后插入铁钎搭架，以水泥浇筑，凭空造出牵路来
还有更困难的状况，其中治理双岩滩和恶滩最具有代表性。
双岩滩人称红水之锁钥，江中突出两山，俨然双门，水从中泻，跌落数丈，浪扫北岸，鼓喷高有丈余，迥流卷旋，险相丛生！起先是计划在北岸开石槽、拉船上行，但实际操作才发现，槽身为跌浪所扫，崖石突出，下水断不能行。
不得已，又重新讨论设计，计划在南岸凿开一长五十三丈，深两丈，宽四到五丈不等的水道，舟楫可从此并行上下通行。但这样一来，就算石灰岩比较好凿，工程量也太大了，自然有许多人反对。
最后是陈恪力排众议，命人在地下一丈处，并排凿通两条长达五十丈的地道。然后分别填满炸药，用混凝土封口后引爆。
震天撼地的隆隆巨响后，那是真正的地动山摇！无数的石块、砂土、树枝被喷到天上去，竟然让天都变了颜色，继而下起了土石雨。
尽管所有人都退到一里以外，但还是被掀翻了大片，等他们定下神来回去查看时，发现那里已经被炸出了一条宽达数丈、长达四五十丈的坑道
还有另一处名唤恶滩，是中游最险之滩，滩长