玉、蓝玉髓、紫晶、黄水晶，其价格就高。
无色的水晶内含包裹体的颜色艳丽，其价格也高，如钛晶、绿幽灵、红兔毛。紫水晶一般以稍有云状物、颜色深紫、晶体通透的为上品。
按照透明度指标，水晶越透明，价格越高，好的透明的水晶加工出的成品晶莹剔透、光辉耀眼。
透明度高的水晶能提升颜色的艳丽，否则显得呆板无灵性。光学水晶要求全透明、无双晶、无杂质。工艺水晶要求透明、少裂、少瑕疵。熔炼水晶要求透明，可有较多裂纹。
三者价值依次降低，熔炼水晶只能作为熔炼水晶玻璃的原料。在工艺水晶中，晶体较大的，可用来做水晶眼镜和雕刻高档工艺品，因而价格较高。
⒉特殊图案及包裹体:玉石纹理如果能形成美丽的花纹、图案，其价格就高，如玛瑙内红白相间的色带有规律地排列，形成缠丝玛瑙时，碧玉中的不均匀颜色形成一种风景图案时，材料的价值将提高。
当水晶内包裹体形成美丽的图案时，如幽灵水晶、风景水晶，或者针状包裹体呈束状排列时，其价值都高于普通的水晶。图案越美观、越有意境越好。
发晶的价值取决于发的颜色、罕见性及大小，一般是发色鲜艳、块度大的价格高。水胆水晶的价值主要取决于水胆及晶体的大小、透明度的高低。如果水胆较大并有一定形态，便可加工成较为珍贵的工艺品。
另外水胆中的水也有一定的科学研究价值，通过它们可了解几百万年前地球上水的成分及变化。
⒊块体大小:水晶的价值还与块体大小有关，同样的颜色和净度级别，块越大越难得。有时候质量级别虽然低一些，但块体够大，也可能价格高于高级别的小晶体
⒋净度:无色水晶以晶莹美丽、洁净透明着称。衡量无色水晶主要看它的纯度，越纯、越透明越好。干净的、无瑕疵的、杂质少的价值就高。无色的水晶如果很脏。就没有利用价值。
⒌质地:杂质、裂纹越少越好。质地好的水晶制品，应看不到星点状、云雾状和絮状分布的气液包裹体或组成玉石的颗粒。有裂纹、斑点，则属于次品。
⒍加工工艺:晶及其石英岩类玉石是中低档宝玉石。虽比不上钻石、红蓝宝石的高贵，但在加工中如果构思巧妙而且加工精细，同样具有很高的价值。如中国传统的玛瑙“虾盘”、“龙盘”、“水漫金山”(水胆玛瑙摆件)都被誉为国家级宝玉石。
水晶的价值根据品质、块体的大小、美感和产量