遭受任何危险，除了会被鲸鲨巨大的尾鳍无意间击中以外。
鲸鲨几乎没有天敌，人类捕捞是其数量减少的一个原因。鲸鲨在几个季节性聚集的地区是水产业的目标之一。
东南亚特别是宝岛海湾地区是鲸鲨主要捕捞区，捕捞上来的鲸鲨主要食用其肉质，有时也会将它的鳍割下以制作鱼翅。在其他地方虽然不是捕捞对象，但也会被误捕，是濒危物种。
菲佣国在1998年禁止了所有关于鲸鲨的商业猎捕、贩卖、输入与输出活动，阿三国则在2001年5月禁止，从2003年开始，宝岛将鲸鲨的捕捞数量限制在每年80尾。从2008年1月1日之后，则开始全面禁止这类商业活动。
世界自然保护联盟（IUCN）的受胁物种红色名录中，鲸鲨属于易危（UV）等级，已经踏入了受胁（threatened）的门槛，中文维基百科收录了的处于IUCN红色名录易危等级的物种还有猎豹、白马鸡、白唇鹿、川金丝猴、鸳鸯、小天鹅、大鸨等人们熟悉的物种，这些物种大多属于国家一级或二级保护动物，这说明，处于易危等级的鲸鲨的生存现状，也同样需要来自国家行政力量的保护，以避免该物种受胁状况的进一步恶化。
此外，根据华盛顿公约（CETIS）网站的数据显示，鲸鲨属于公约附录II所列物种，公约约定附录II所列物种需要管制其国际贸易的交易情况以避免影响到其存续。
在国家林业局网站可以看到华盛顿公约的中文译本，其中并未规定缔约国有义务控制附录载列物种的国内贸易。(未完待续。。)
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