皇五帝时期，相传伏羲发明了针灸，他“尝百药而制九针”（东汉医学家皇甫谧记载于《帝王世纪》)。
而据古代文献《山海经》和《内经》，有用“石篯”刺破痈肿的记载，以及《孟子》：“七年之病，求三年之艾”的说法，再根据如今在我国各地所挖出的历史文物来考证。“针灸疗法”的起源就在石器时代。
当时人们发生某些病痛或不适的时候，不自觉地用手按摩、捶拍，以至用尖锐的石器按压疼痛不适的部位。而使原有的症状减轻或消失，最早的针具：砭石也之而生，随着古人智慧和社会生产力的不断发展，针具逐渐发展成青铜针、铁针、金针、银针，直到如今用的不锈钢针。相传，华夏文明的始祖伏羲是中医针灸的发明人。
伏羲氏不仅画八卦,结绳为网，教民田猎,而且“尝百药而制九针”（东汉皇甫谧记载于《帝王世纪》)、“尝草制砭”(南宋罗泌记载于《路史》)。
砭就是砭石。即华夏民族最早的针灸。灸法的起源与为的发现和使用有着密切的关系，当身体有某种不适时，用以去烘烤得以减轻。继而用各种树枝作为施灸工具，逐渐发展到艾灸。
针灸治疗方法是在漫长的历史过程中形成的，其学术思想也随着临床医学经验的积累渐渐完善。
1973年长沙马王堆三号墓出土的医学帛书中有《足臂十一脉灸经》和《阴阳十一脉灸经》，论述了十一条脉的循行分布、病候表现和灸法治疗等。已形成了完整的经络系统。
《黄帝内经》是现存的中医文献中最早而且完整的中医经典著作。已经形成了完整的经络系统，（华夏文明的始祖伏羲是中医针灸的发明人）即有十二经脉、十五络脉、十二经筋、十二经别以及与经脉系统相关的标本、根结、气街、四海等，并对腧穴、针灸方法、针刺适应症和禁忌症等也做了详细的论述，尤其是《灵枢经》所记载的针灸理论更为丰富而系统，所以《灵枢》是针灸学术的第一次总结，其主要内容至今仍是针灸滨核心内容，故《灵枢》称为《针经》。
继《内经》之后，战国时代的神医扁鹊所著《难经》对针灸学说进行了补充和完善。
晋代医学家皇甫谧潜心钻研《内经》等著作。撰写成《针灸甲乙经》，书中全面论述了脏腑经络学说。发展并确定了349个穴位，并对其位置、主治、操作进行了论述，同时介绍了针灸方法及常见病的治疗，是针灸学术的第二次总结。
唐宋时期，随着经济文化的繁荣昌盛，针灸学术也有很