（3）外源基因的导入。
（4）外源基因在宿主基因组上的整合、表达及检测与转基因生物的筛选。
（5）外源基因表达产物的生理功能的核实。
（6）转基因新品系的选育和建立，以及转基因新品系的效益分析。
（7）生态与进化安全保障机制的建立。
（8）消费安全评价。
基因工程最突出的优点是打破了常规育种难以突破的物种之问的界限，可以使原核生物与真核生物之间、动物与植物之间，甚至人与其他生物之间的遗传信息进行重组和转移。人的基因可以转移到大肠杆菌中表达，细菌的基因可以转移到植物中表达。
基因工程是在分子生物学和分子遗传学综合发展基础上于20世纪70年代诞生的一门崭新的生物技术科学。
这个定义表明，基因工程具有以下几个重要特征：首先，外源核酸分子在不同的寄主生物中进行繁殖。能够跨越天然物种屏障，把来自任何一种生物的基因放置到新的生物中，而这种生物可以与原来生物毫无亲缘关系，这种能力是基因工程的第一个重要特征。
第二个特征是，一种确定的DNA小片段在新的寄主细胞中进行扩增，这样实现很少量DNA样品‘拷贝‘出大量的DNA，而且是大量没有污染任何其它DNA序列的、绝对纯净的DNA分子群体。
科学家将改变人类生殖细胞DNA的技术称为“基因系治疗”（germlinetherapy），通常所说的“基因工程”则是针对改变动植物生殖细胞的。
无论称谓如何，改变个体生殖细胞的DNA都将可能使其后代发生同样的改变。
20世纪初。基因工程还没有用于人体，但已在从细菌到家畜的几乎所有非人生命物体上做了实验，并取得了成功。
事实上，所有用于治疗糖尿病的胰岛素都来自一种细菌。其DNA中被插入人类可产生胰岛素的基因，细菌便可自行复制胰岛素。
基因工程技术使得许多植物具有了抗病虫害和抗除草剂的能力；在米国，大约有一半的大豆和四分之一的玉米都是转基因的。
是否该在农业中采用转基因动植物已成为人们争论的焦点：支持者认为。转基因的农产品更容易生长，也含有更多的营养（甚至药物）。有助于减缓世界范围内的饥荒和疾病；而反对者则认为，在农产品中引入新的基因会产生副作用。尤其是会破坏环境。
诚然，仍有许多基