从隆武三年第一批中央军事学院的学生毕业开始，萧如薰就开始不断地将这些受到严格军事教育和政治教育的军校生安排到军队的基层职位之中。
军队的进步和战斗力的维持不仅仅在于武器的更新换代，更在于军官和军事制度，萧如薰给大秦制定了很多行之有效的军事制度，所以秦军跃进的步伐一直都没有停过。
从一支传统意义上的造反的军队发展成现在这支纪律严明行动快速的军队，超脱了古代军队的限制，无限向近代军队迈进，萧如薰所做的一系列的安排是主要原因。
为了不让这支军队的战斗力退化，不让军人的地位再次回到宋朝和明朝中后期的地步，萧如薰建立了军校。
不仅仅在北京建立了一所，隆武三年年初又在天津建立了海军军校，并且在南京建立了南京中央军事学院和南京海军军校，将军校扩充到了四所。
之后，萧如薰还有扩充军事院校的计划，为的就是将军人的素质整体拔高，提升到再也不会被文人嘲讽为丘八的地步。
而且同时，将这些从一开始就接受了严格的政治教育的年轻人投入到军队之中，从最基层开始对大秦军队进行润物细无声的大换血，从根本上解除军队大将拥兵自重造反的可能。
从古代的部曲私兵制度一直演变到唐末藩镇割据，军队大将拥兵自重一直都是各大王朝的心头之患，为此，王朝统治者甚至不惜自废武功，自宫，导致了极其严重的局面。
萧如薰自己就是军队大将拥兵自重造反的典型，建立大秦王朝之后，不少人都暗自揣测萧如薰肯定会学习明太祖杀功臣，再不济也要学习赵匡胤来个杯酒释兵权。
但是令他们吃惊的是，萧如薰既没有杀功臣，也没有杯酒释兵权。
大将还是那些人，地位更高，权力更大，统兵数量也更多，没有杀人，没有罢免。
有些人还觉得这是还没有到卸磨杀驴的时候，皇帝一定会在北伐之后开始着手清洗掉这一批元老功臣，朱元璋也不是刚立国就下手的不是吗？
对于这种看法，萧如薰只会说他们想太多了，萧如薰不会随便杀人的，只要没人在明面上扯大旗造反，他是不会杀跟着自己起兵造反的功臣的，因为没什么必要了。
从镇南军建军开始，萧如薰就坚持和底层士兵打成一片，坚持越过大将直接对基层军队下达指令，培养军队习惯听从最高指挥的习惯，各种越俎代庖让所有人习惯他的行为。
另外还通过教育士兵识字的