而水军下面的骨干军官则从在洞庭湖的水军第一军中抽调，汉国水军的中低层军官则抽出大部分人去长沙参加军校学习，说白了就是洗脑。
唐末一来，由于军阀割据，这文官和武官区分度不大，像这邵廷琄虽然是英州刺史，但打水战却是一把好手，李唐偷袭广州一战，就是有他指挥的。在钟允章的建议下，马云还是重用了邵廷琄。
邵廷琄果然不负众望，在泉州整顿了两个月的水师之后，他调集军队，对盘踞在澎湖岛上海盗进行了毁灭性的清剿。马云派人对澎湖岛，特别是海盗的营寨视察了之后，决定在澎湖建立一个水师港口，将台湾海峡彻底的封锁了起来。同时，他派人去了台湾岛，准备对台湾移民，进行开发。