督。洪承畴改杨鹤的“边剿边抚（诱降）”为“全力清剿”、“以剿坚抚，先剿后抚”方针，集中兵力进攻陕西农民军。
崇祯五年（1632年）春，一股农民军由于顶不住官军的压力，向庆阳突围。洪承畴亲赴庆阳，指挥会战，与总兵曹文诏、贺虎臣一起围剿农民军。双方在西澳激战数十次，农民军损失惨重，首领可天飞被斩杀，部将白广恩投降。曹文诏又剿贼于耀州锥子山，贼杀独行狼等后投降，洪承畴命令屠杀四百人，剩下的皆遣散。
崇祯六年（1633年）冬，农民军转进至明军力量薄弱的豫西楚北，以郧阳为中心，分部来往穿插于豫楚川陕之间，进行游击性质的流动作战。洪承畴为改变被动局面，以重兵包围起义中心地区，实施重点进攻，高迎祥义军接连败于确山、朱仙镇（今河南开封市西南）等地，被迫转入西部山区。明廷为改变“事权不一、相互观望”被动局面，改用“集中兵力，全面围剿”方针。
崇祯七年（1634年）十二月，明思宗朱由检撤掉围剿失败的陈奇瑜，洪承畴仍任陕西三边总督，但以功加太子太保、兵部尚书衔，总督河南、山西、陕西、湖广、四川五省军务，成为明廷镇压农民起义的主要军事统帅。当其调动官军入陕，重新组织围攻时，当时农民军聚集在陕西的有20余万人，其中以闯王高迎祥，及其部属李自成的力量最为强大。洪承畴命总兵贺人龙、左光先出兵夹击，义军突围东走，转进灵宝、汜水（均在河南）。
崇祯八年（1635年）一月，洪承畴率主力出潼关，在河南信阳大会诸将，准备对起义军实行大规模的军事围剿。农民军见势不妙，分路奔还陕西，张献忠也劫掠凤翔，与高迎祥汇合，明朝副将艾万年、柳国镇战死。曹文诏由宁州剿匪，其参将曹变蛟败农民军于湫头镇，乘胜追击遇伏，洪承畴救援不及，曹文诏自杀而死。洪承畴统辖太广，难以兼顾，于是以卢象升总理江北、河南、山陕、川湖军务，管理关外明军，而洪承畴专管关内兵。
此时，清军入边，破昌平等16城，朱由检急调卢象升率军驰援，中原压力减轻。张献忠乘机复起，联合罗汝才等部20余万人，沿江东进，分散活动于蕲州、霍山一带。
崇祯十年（1637年），朱由检再命熊文灿为五省总督，增派禁军1200人，组织新的围剿。李自成进军四川，一度破城十余座，并攻克甘肃的宁州、羌州，入七盘关，但在崇祯十一年（1638年）返陕时，在洮河一带遭洪承畴及孙传庭军袭击，败走岷州。与此同时，张