献忠在南阳亦为左良玉军击败，负伤退谷城。熊文灿遂改围剿为招抚。刘国能、张天琳、张献忠、罗汝才先后降明或就抚。李自成率残部活动于川陕边境山区。
崇祯十二年（1639年）十月，陕西最后一股“贼军”李自成部在流窜途中，被洪承畴令总兵马科、左光先领兵截击。李自成回师转东，洪承畴又令曹变蛟潼关设伏邀击，李自成大败，仅余18骑走入陕南商洛山中，农民起义陷入低潮。
崇祯十一年（1638年）九月，清军两路南下，京师戒严。两面受敌的明朝不得不从西线把主帅洪承畴调来，与孙传庭率军入卫。是年秋，皇太极领兵攻占义州，以此为基地，展开对锦州的围攻战。崇祯帝也极力加强对山海关和锦州的防守。
崇祯十二年（1639年）初，洪承畴调任蓟辽总督，领陕西兵东来，与山海关马科、宁远吴三桂两镇合兵。锦州有松山、杏山、塔山三城，相为犄角。
崇祯十三年（1640年）冬，清军攻锦州及宁远，洪承畴派兵出援，败于塔山、杏山。
崇祯十四年（1641年）春，为挽救辽东危局，明廷遣洪承畴率宣府总兵杨国柱、大同总兵王朴、密云总兵唐通、蓟州总兵白广恩、玉田总兵曹变蛟、山海关总兵马科、前屯卫总兵王廷臣、宁远总兵吴三桂等所谓八总兵兵马，领精锐十三万、马四万来援，集结宁远，与清兵会战。
三月，皇太极发大兵采取长期围困锦州的方针，势在必克。洪承畴主张徐徐逼近锦州，步步立营，且战且守，勿轻浪战。但兵部尚书陈新甲促战，在崇祯皇帝也希望持重的情况下，采取了速战速决的方针。八月，皇太极得知明援兵已到，便亲率大军从盛京赶来赴援，驻扎在松山、杏山之间，部署在明军的南面，济尔哈朗军攻锦州外城，截断松、杏间明军的联系，切断明军粮道，断绝洪承畴归路。
洪承畴主张决一死战，而各部总兵官主张南撤，最后集议背山突围。最后十数万人土崩瓦解。崇祯十五年（1642年）一月，洪承畴听说朝廷援军赶到，又派6000人马出城夜袭，被清军战败。松山一直被围困了半年之久，城中粮食殆尽，松山副将夏承德叩请清军，愿拿儿子夏舒做人质约降。
三月，清军应邀夜攻，松山城破，洪承畴、巡抚邱民仰被俘，总兵曹变蛟等将领被杀。洪承畴被俘后，锦州守将祖大寿，便走出内城，率众出降。塔山、杏山也相继落入清军之手，明军的锦宁防线，实际上已不复存在。
洪承畴绝食数日，拒不肯降。皇