用军、政、思三者分离的方式对现有机构进行职责界限的划分。
军，设兵马都统院，主管赵营所有军事，简称军院。赵营野战军五营及屯田军四营的人事任免、军队调配等全由兵马都统院管辖。最高职位称“大兵马都统”，由赵当世自己兼任。大兵马都统之下，分设“兵马都统”与“副兵马都统”，军中统制坐营官级别者全都兼任此二职之一。再往下，则为“兵马佥事”与“副兵马佥事”，由中军官及哨官一级者兼任。此外，七司之中，亲养指挥使司、特勤指挥使司与教练使司也属于兵马都统院管辖，长官均兼任“副兵马都统”。
兵马都统院的设立并没有对当前赵营军将的实际职务造成冲击，所以众军将都懵里懵懂地接受了。
政，设承宣知政院，主管赵营所有政务，简称政院。榷商等内务诸事使司、提举外务使司、市舶东南使司三司隶属之。最高职位称“大知政”，由昌则玉担任，有权利统一协调下属三司工作。副职“知政”，分别由三司的长官兼任，对大知政负责，再次则为“副知政”。如此一来，赵营原先诸政务机构各自为事的情形就此成为历史。
和兵马都统院的设立不同，如何可畏就对昌则玉担任大知政之事颇有微词。他认为昌则玉从未真正参与过此前一系列政务的工作中，突然空降，恐怕反而会对政务的运转产生负面效应。
昌则玉并没有退让，直接举出了崇祯四年的例子。那年六月，早期流寇领袖王嘉胤受到明军接连打击后于山西阳城县山中醉酒被奸人杀害，其时官军势大，各部流寇群龙无首，几有分崩离析的危险，昌则玉临危布策，推王自用为出头，并利用各种手段安抚住了躁动的诸营流寇，最终帮助王自用复纠起三十六营，冲破官军阻障，死里逃生。这一应变及控场能力，赵营众人扪心自问，没有人谁能比得上。
“若以何公见，当时该当作何举动，方可免于一难？”
何可畏听他最后这一逼问，愣是老脸涨红，说不出话来。众军将中，似侯大贵这样的，是那次事件的亲历者，真论起来，可以说昌则玉救了他一命，对昌则玉也表示了支持。其余军将大多在流寇中经年，即便没去过山西，也都感同身受。何可畏哪敢向这么多人抬杠，只能将不满咽回肚里。
另，当下正在枣阳县主理政务的覃奇功等人也暂时划归承宣知政院下属，覃奇功兼任知政。
思，设统权点检院，简称思院。统权点检院主要以稽察处置使司为基础创立，最高职位称“大点检”，由稽察处置使司稽