明末时，菲律宾群岛并不直属西班牙本土政府，而是作为新西班牙（即墨西哥）的一个行省来管理的。崇祯八年五月，科奎拉抵达马尼拉，正式就任菲律宾总督。
科奎拉经历比较复杂，曾经在佛兰德斯、秘鲁与当地的“猴子”作过战，后来升至巴拿马总督，现在，又跑到菲律宾，周旋于摩洛海盗、荷兰人、葡萄牙人及英吉利人之间。
南洋的形势较为复杂，多方势力纠缠在一起，斩不断、理不清，比一堆乱麻还乱。首先是大明与葡萄牙、荷兰、西班牙之间的矛盾。自万历三十年后，大明几乎与葡萄牙、西班牙、荷兰、英吉利都打过仗，而且毫无例外地都获得了胜利，这还是日薄西山的明末么？
最近，与大明爆发冲突的葡萄牙人最为悲情。葡萄牙人在多年的经营之后，形成了两条黄金商路，一条就是广州——澳门——长崎，另外一条就是广州——澳门——马六甲——果阿（里斯本），可是，在林纯鸿强行占据澳门后，葡萄牙的优势地位受到了严重挑衅，颇有集结舰队夺回澳门之势。
其次乃葡萄牙和荷兰之间的矛盾，葡萄牙衰弱的速度非常快，自然引起海上马车夫的觊觎，为了得到马六甲和果阿，荷兰东印度公司一度派遣舰队封锁马六甲和果阿，双方对决层出不穷，冲突呈扩大之势。
此外，就是西班牙与荷兰之间的矛盾。荷兰在南洋的气势颇有点咄咄逼人，自然不会放过吕宋岛。双方一度兵戎相见，荷兰曾经派出十多艘战舰封锁马尼拉，西班牙仅仅派两艘战舰迎战，结果让人大吃一惊，西班牙战胜了荷兰！由此可见，西班牙舰队的实力颇强！
至于英吉利人，至今还处于敲边鼓的阶段，只是偶尔派一支舰队来南洋晃一晃。
科奎拉还在巴拿马总督任上时，就对南洋的形势有所耳闻。抵达马尼拉后，又下了一番苦功夫了解形势，有信心为国王陛下守住这块海外殖民地。
按照《托尔德西里雅斯协议》，西班牙不可能穿越马六甲海峡返回欧洲，只好建立了马尼拉——阿卡普尔科（欧洲）航线，从墨西哥运来大量的白银，换回中国的生丝、丝织品、棉布等大宗商品。然而，目前西班牙处于战略收缩阶段，国王陛下实行限制贸易政策，导致此条航线的价值有所下降。
更关键的是，墨西哥的白银产量大幅度下降，致使马尼拉的商船数量日渐减少。
科奎拉当然对这些情况了如指掌，他认为，只要投入精力剿灭棉兰老岛及苏禄群岛上的摩洛海盗，就可以保证吕宋岛的安全