六月初十，熊廷弼来到了北京城。
熊廷弼在驿馆休息了一夜，第二日一早便在正阳门候旨觐见。
得知熊廷弼已经到了京城，天启皇帝朱由校非常高兴，一向睡到日上三竿的他，早早地升坐八宝金殿。
魏忠贤站在金阶之上高喊：“皇帝有旨，特命熊廷弼入朝觐见！”
几个宫门的太监接替呼喊，直至正阳门外。
熊廷弼整理了衣服，躬身碎步走向太和殿。
进入太和殿后，熊廷弼依照平民的礼仪给朱由校行了三跪九叩的大礼，最后天启皇帝命熊廷弼站起身回话。
他先是奏请天启皇帝，收回冯三元、魏应嘉等人的贬谪。熊廷弼这么做是想给皇帝还有满朝文武一个态度，他熊廷弼大人不记小人过，到了辽东前线，你们千万别在后面给我下绊子了。
朱由校明白熊廷弼话外之音，他拒绝了熊廷弼的奏请：“朕金口玉言，既然已经下旨，便不会收回成命。况且这些人确实犯错在先，理应惩戒。不然，朝廷纲纪如何确立。”
熊廷弼见朱由校心意已决，便不再坚持。他朝上躬身一礼，说道：“臣在家中之时，日夜思虑国事。临行前，想出一退敌的策略，想向陛下奏明。”
朱由校听说熊廷弼有退敌良策，非常兴奋：“爱卿快快奏来。”
熊廷弼朗声说道：“如果想要击退金贼，必须三方布置。首先，广宁十二卫大多建在闾山一带，山势险要，并有三岔河为屏障。如果用马步兵在三岔河上设立壁垒，凭借山川的有利地形打击敌人，便能牵制敌人的全部兵力。其次在天津、登、莱等港口建置水军船队，乘虚打入敌人南方的驻地，动摇他们的军心，这样敌人势必有内顾之忧，辽阳就可以收复了。在登、莱两地需要设立一个总巡抚，就和天津一样，臣恳请由陶朗先充任。最后在山海关特设经略一人，管辖一方，统一事权。”（对于熊廷弼的三方策略究竟是广宁、登、莱，还是广宁、登莱、山海关，当时熊廷弼说得太过暧.昧，朱由校又是个文盲，所以我也不清楚。我是照着明史写的。）
朱由校立刻点头同意，当殿加封熊廷弼为兵部尚书，兼右副都御史，驻守山海关，经略辽东军务。
熊廷弼为了能在辽东做到令行禁止，向天启皇帝再次要了一口尚方宝剑，并请求调兵二十余万，并责成户、兵、工三部尽快筹措兵马、粮草、器械之类的军需物资。
熊廷弼还奏请天启皇帝为当初的监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅