徐日久忙活了好半天，不仅没有扳倒马世龙，反而被魏忠贤判了一个妄告不实，回家待业去了。
虽然孙承宗和马世龙没有立刻被魏忠贤的党羽给拉下马，但孙承宗的内心已然无法宁静。
熊廷弼的人头传到山海关的时候，孙承宗心神巨震。再不离开山海关，自己说不定会和熊廷弼是相同的下场。
孙承宗连上三道请辞奏章，以心肌梗塞和肾功能不全为由，坚决要求回乡养病。
天启皇帝朱由校何等聪明，他深感孙承宗处境为难，便下旨同意了孙承宗的请辞奏章。
十月，孙承宗回到京师，面见天启皇帝朱由校。
君臣二人见面，先是掉了几滴眼泪，然后互诉衷肠。
孙承宗乃是天子的老师，临走之前，朱由校免不了要再加封一番。由于先前孙承宗的头衔太多，实在是没得可加了，朱由校从吏部的虚衔堆中挑了一个光禄大夫安在了孙承宗的脑袋上，并让孙承宗的儿子世袭中书舍人，并赏赐蟒服和大量的银币。
孙承宗离京之日，朱由校为防止仇家找孙承宗寻仇报复，特下旨派了一千军兵护送孙承宗回乡。
没过多久，辽东巡抚喻安性和山海关总兵马世龙相继辞官而去。