候，掌握藩中实权的就是第一次长州征伐战的总参谋西乡隆盛和大久保利通。萨摩藩前此所以会协助幕府与长州军交战，本是为了掌握京都的实权，完成藩主岛津久光公武合体和“雄藩公议”的政治理想。可是幕府在战败长州以后却卸磨杀驴，加速恢复幕权，同时故意搅黄明令召开的雄藩会议。在这种情况下，西乡隆盛、大久保利通等人的思想开始倾向于武力倒幕。再有了龙马和慎太郎的反复劝说，西乡隆盛终于答应和长州联起手来，伺机推翻幕府的腐朽统治。接着，两人又来到长州游说，虽说长州人恨透了“会奸”、“萨贼”，但眼界开阔的桂小五郎和高杉晋作还是力排众议，决定争取萨摩这个强有力的外援。
在坂本龙马和中冈慎太郎的反复奔走游说下，庆应二年正月，长州重臣桂小五郎再次秘密潜入京都，在萨摩藩邸和西乡隆盛会面，签署了共同进退的同盟协议。幕府对此秘密同盟懵然无知，他们只看到了高杉晋作的“功山寺起义”，看到长州藩的割据倾向，于是决定发动第二次“征长战争”。
萨摩藩虽然这次不玩了，但是家茂将军还是拼凑起了各藩联军十五万之众，分从山阴、山阳、濑户内海和北九州四个方向合围长藩。幕府先锋总大将是德川茂承，家茂将军还亲自离开江户，坐镇大坂城指挥战斗。幕府三万陆军从山阴方向走石州口，五万陆军从山阳方向走艺州口，两万水陆联军从长门南方登陆走大岛口，另外主力五万以北九州的小仓城为基地走九州口，目标直指长州重镇下关和主城萩城。对比幕府的十五万大军，长州可战之兵不过区区四千人而已。如果家茂将军这次能够一鼓荡平长洲藩的话，日本的历史进程，肯定会被彻底改写，可惜长洲藩有一个不世出的奇才——大村益次郎。
四境战争打了不到两个月，便因为家茂将军因脚气离世，而草草落下了帷幕，无论从哪个角度来说都是以四千克十五万的长洲藩打赢了。这场战争彻底摧毁了幕府的权威，让将军的威望一落千丈，长洲藩也正式成为了不受幕府管束的割据雄藩。
长州之所以能够在“四境战争”中取得胜利，原因是多方面的，最主要在于幕府的腐朽、诸藩联军的装备既差，配合度又不高，而长州则经过军制改革，装备精良，同时上下一心，士气高涨。此外，萨摩以及英国对长州的暗中支持，也起了很大的作用。
当时英、法两国争夺对日本的控制权，英国认为幕府已经彻底腐朽，无法利用它来统治整个日本，因此转而支持藩政开明，并且逐渐打开国门的萨摩、长州等藩，希望实现