，那么在编制上就要以鸳鸯阵为部队的基层组织，这就是“队”。另一方面，战斗队形的变化也要在编制的伍法中进行，如鸳鸯阵的小队，也可以变成大小三才阵和两仪阵。后来就把这概括为“一切法只在伍法中变化”。这种编制和队形相一致的最大好处是便于管理，便于训练，便于协同作战。平时一个队在一起生活、训练，使队长了解士兵，士兵也互相熟悉，到打起仗来就能密切协同，形成整体战斗力。这要比打仗时临时拼凑一些互不熟悉的士兵其战斗力不知增强多少倍。
正是在这种思想指导下，秦良玉编制的军队是独具一格的。他在编营号时以十二人为一队，四队为一哨，四哨为一官，四官为一总，四总为一营，基本上四进制（有时增至五进制）。不仅队为太极二你阵，哨、官、总也是为实行一种“阵”，即一头两翼一尾阵。后来又提出了“明活法”的编制思想，即营、司、哨、旗，每一级辖个下一级单位均可。第一，明军的传统编制没有和战斗队形结合起来；第二，明军的传统编制基本或上是五或十进制，如十小旗为百户所，十百户所为一千户所，五千户所为一卫。当然也不是截然不同，如一小旗十一人，只加一名火兵（伙夫）变成十二人（为一队），但其他各级就不一致了。这体现了秦将军所讲的“用法而不泥于法”，体现了他的创造性。
其次，便是他很是在意练令、练艺、练阵。练令。选好了兵，编成了队伍，配备了武器，军队已经组成，但还不能打仗，因为没有经过训练。他还说：“训练有备，兵之事也。”“战必以练兵为先。”“不唯战需练，亦必练而后能守。”又说：“凡司三军之上者，其责必曰‘练兵’。夫此‘练’字，即练丝者将生丝练熟，以织锦彩之练也。巧匠能练生丝使之熟，而将官乃不能练有知觉之民使之战，不亦愧于练丝者哉！古今名将用兵，未有无节制号令，不用金鼓旗幡而浪战百胜者。”“束伍既明，即当练习吾令。”古代指挥军队靠的是旌旗金鼓，所谓“夜战多火鼓，昼战多旌旗”。擂鼓要进，鸣金要止；旗指东则东，指西则西；有令则进，有禁则止。只有这样，全军步伐一致，万众一心，共同对敌，才能夺取战争胜利。不然，几千、几万军队毫无秩序，乱成一团，必定会吃败仗。那么怎样训练军队听从号令呢？他具体采取了以下一些办法：第一，令士兵记熟号令。他制定出旌旗金鼓号令的具体条款，刊印发给士兵。令每一队聚在一起，识字的人自己读，不识字的听识字的念诵解说，“务要记熟”，然后进行考核。如果一条记不下来，就要罚打一板；如果