光绪十五年正月二十七日（1889年2月26日），是钦天监选定的皇后入宫吉日。午正三刻，是奉迎皇后的吉时。光绪帝头戴珠冠身着龙袍，升坐太和殿，文武百官三跪九叩，礼部官员宣读册封皇后的诏书。奉迎正使和副使待光绪帝回宫之后，率领着奉迎大臣们前往后邸迎接皇后入宫。与此同时，瑾、珍两嫔也由神武门被迎入后宫。
在婚期过后，隆裕住进东六宫之一的钟粹宫。但光绪帝只宠幸珍妃，和隆裕之间感情很不好。光绪应知慈禧太后之所以会挑选隆裕为皇后，是想用亲侄女来监视自己，因此而对她多有防备。姿色并不出众，且性格柔懦，身为皇后既不得宠，在宫中也得不到慈禧太后的欢心，平日与诸命妇王妃见面时也不太有威信。
不喜欢也就算了，光绪皇帝还经常捉弄隆裕太后。根据晚清太监的回忆，光绪皇帝每次经过隆裕寝宫的时候，都会非常气愤，而且他养的狗在隆裕寝宫前也是随地大小便。好歹人家也是后宫之主，光绪在老佛爷那里受的气没地方出，就把隆裕当成出气筒。
隆裕的容貌虽不太出众，不过她是一个非常有涵养的女性。光绪对她的种种举动她本可以告诉慈禧，但是她并没有这样做。在德龄公主所写的《紫禁城的黄昏》一书中，笔下的隆裕太后是一个很有教养的女性，德龄公主对隆裕赞赏有加。
光绪二十六年（1900年），因八国联军攻入北京，在联军攻入紫禁城前夕，皇后随着慈禧太后、光绪帝和其余宫眷一同逃往西安。
光绪二十七年（1901年），一行人再度回到了紫禁城。在珍妃死后，皇后依然不得宠。
光绪三十四年（1908年），光绪帝在南海瀛台涵元殿驾崩，依慈禧太后遗命由宣统帝即位。依宣统帝之命被尊为隆裕皇太后，被称为“兼祧母后”，上徽号“隆裕”，史称隆裕皇太后。宣统帝登位时年仅三岁，因此由太后抚养宣统帝。同时隆裕太后也实行垂帘听政，和摄政王载沣共同主掌风雨飘摇的清王朝。
隆裕不善于巴结于人，所以亲信不多。自当了太后，时有秉裁军国大政，她才知道要守住太后的宝座，必须要保住溥仪的帝位，这就必须要建立自己的势力，尤其是与那些手握实权的亲贵与外臣联合。因此，当载沣树威立信，筹建统治班底之际，隆裕也不得不想方设法笼络一些大臣，以防止载沣权力过大，而危及到自己的位置。
隆裕拉拢的对象是庆亲王奕劻，奕劻因得隆裕太后的恩宠，受封清王朝最后一个铁帽子王爷。奕劻在朝中权