黎就职当天颁下三令：
第一令云：“元洪于本月七日就大总统任，自维德薄，良用兢兢。惟有遵守法律，巩固共和，造成法治之国。官吏士庶，尚其共体兹意，协力同心，匡所不逮，有厚望焉！”
第二令云：“现在时局颠危，本大总统骤膺重任，凡百政务，端资佐理，所有京外文武官吏，应仍旧供职，共济时艰，勿得稍存诿卸。此令！”
第三令云：“民国肇兴，由于辛亥之役，前大总统赞成共和，奠定大局，苦心擘划，昕夕勤劳，天不假年，遘疾长逝。追怀首绩，薄海同悲。本大总统患难周旋，尤深痛怆。所有丧葬典礼，应由国务院转饬办理人员参酌中外典章，详加拟议，务极优隆，用副国家崇德报功之至意！”
黎元洪虽然做了总统，可是他自己没有实力。当时的中国，最有实力当属北洋系，其次要属国民党，而黎既非北洋系，又不属国民党。
在北洋诸帅看来，黎不值得他们的拥戴；在国民党人看来，黎在二次革命后投靠袁以自保，不是真正革命党人。
可是黎元洪也有他的独特优势，因为他不属于任何一方，又是现任副总统，反而能被各方所接受。
但是，未必有人真的拿他这个总统当回事，所以黎元洪的处境是尴尬又艰难。
黎元洪就职后，国人便对《约法》的执行引起争议。《约法》有两个，执行哪一个？是新《约法》呢？还是旧《约法》？旧《约法》是民国元年的，新《约法》是民国三年的。
西南军务院抚军长唐继尧于六月十日通电提出：
（一）请黎大总统即日宣言恢复民国元年公布之《临时约法》；
（二）请召集民国二年解散之国会，依法补选副总统，及要求同意任命国务员，组织正式国务院；
（三）请惩办帝制祸首杨度、孙毓筠、严复、刘师培、李燮和、胡瑛、朱启钤、段芝贵、周自齐、梁士诒、张镇芳、雷震春、袁乃宽等十三人；
（四）请下令召集军事特别会议，由各省都督或将军各派代表在上海开会，议决一切善后军事问题。
西南军务院副抚军长岑春煊亦宣称这四个条件是护国军方面一致主张，如北京方面同意接受，抚军院当立即撤销。
唐、岑的通电发出后，在上海的唐绍仪、梁启超、伍廷芳等则联名通电呼应。国会议员谷钟秀、孙洪伊等则在上海登报召集议员自行集会，以拥护法统，维持旧《约法》为奋斗的目标。
段祺瑞