进入1898年，京城内的维新变法的氛围愈加浓烈，此时的蔡元培已经不能满足于只读中译本的书籍，他想直接看外文书。
这时候，他的好友及同科举子，在总理衙门任职的张元济，在琉璃厂开设了通艺学堂，专授英语。他开始本来是决定去学的，不久他的另一个友人刘树屏，在内城设立了专修日文的学堂。想到从文字角度，中国人学日文要容易得多，西文要籍均有日文译本，他最后选择了后者。
借助刘树屏的学馆，他与好友王式通等成立了“东文学社”，聘师辅导。因为学日文不是为了语言交流而在于读书，他干脆径直借用中日词典，边学边试着将日文书译成中文。先后翻译了《万国地志》序及《俄土战史》的部分章节，收到了事半功倍的效果。虽然对讲日语很生，但在文字上很快便“文从自顺”。
在以后的日子里，译日文的本领，竟成了他得心应手的技艺，也使他终身受益。
这一年，发生了撼动中国的政治大事件——“戊戌变法”。
戊戌变法，也称百日维新、维新变法、维新运动。
我们在前边说过了，1898年6月11日，以光绪皇帝颁布“明定国是”诏书为标志，变法正式开始。变法期间，光绪帝先后发布了一系列的变法诏令，除旧布新。
其主要内容是：改革政府机构，裁撤冗官，任用维新人士；鼓励私人兴办工矿企业；开办新式学堂吸引人才，翻译西方书籍，传播新思想；创办报刊，开放言论；训练新式陆军海军；科举考试废除八股文，取消多余的衙门和无用的官职。
也正如本书前面所说，主持变法的是一帮书生，不是做事的人，不知道做事难。所谓书生意气，以为只要有皇帝发号司令，只要他们想变，就什么都能变。在一百天多一点的时间里，光绪皇帝和康有为、梁启超、谭嗣同等人，一共颁布的新政的诏令和谕旨，就有一百八十多个。
本来，执掌实权的慈禧太后对于维新变法开始还冷眼观之。但一众热血的维新派这时头脑发热，竟异想天开的想要把慈禧太后和反对维新变法的官僚们一举从权力的中心踢出局，使年轻皇帝光绪真正亲政。慈禧太后当然不能坐以待毙。
1898年9月21日，慈禧太后等发动政变，光绪帝被囚至中南海瀛台。腥雨欲来，闻讯的维新派中，康有为、梁启超分别远循法国、日本。唯有谭嗣同宁死不逃，愿以性命唤醒国人，与康广仁、林旭、杨深秀、杨锐、刘光第共6人被清廷问斩于北京菜市口刑场。